| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,659,576 | T→C | F14S (TTC→TCC) | clcB → | voltage‑gated ClC‑type chloride channel ClcB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,659,576 | 0 | T | C | 77.1% | 63.7 / 18.3 | 35 | F14S (TTC→TCC) | clcB | voltage‑gated ClC‑type chloride channel ClcB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/3); new base C (10/17); total (15/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
CCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTAC > NZ_CP009273/1659495‑1659656 | ccGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTc < 2:307765/90‑1 (MQ=255) gCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAAc < 2:832688/90‑1 (MQ=255) gCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAAc < 1:387075/90‑1 (MQ=255) gCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAAc < 2:1074093/90‑1 (MQ=255) tttCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAgtcgtc < 2:785024/90‑1 (MQ=255) ttGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTAt < 2:839128/90‑1 (MQ=255) gCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATtc > 1:164702/1‑90 (MQ=255) aTTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTcgc < 1:923678/90‑1 (MQ=255) tttCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAgtcg > 2:995380/1‑76 (MQ=255) tttCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAgtcg < 1:995380/76‑1 (MQ=255) gCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCtt > 1:993439/1‑90 (MQ=255) gCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGGCGTCGGTATTCTCGCGGCCtt > 2:309394/1‑90 (MQ=255) aTGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTttgcc < 2:1015088/90‑1 (MQ=255) tGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTttgccg > 1:211778/1‑90 (MQ=255) cTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCggg > 2:205468/1‑90 (MQ=255) cacaTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGttt < 1:768241/90‑1 (MQ=255) cacaTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGttt < 1:847224/90‑1 (MQ=255) cacaTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGttt < 1:469050/90‑1 (MQ=255) cacaTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGttt < 2:549516/90‑1 (MQ=255) aTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGt > 2:905124/1‑90 (MQ=255) aTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGt > 2:633320/1‑90 (MQ=255) tCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTc > 1:752941/1‑90 (MQ=255) tCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTc > 2:669039/1‑90 (MQ=255) cTATCCGGATCTGCGCACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCa > 2:1112375/1‑90 (MQ=255) tCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGc < 1:866991/90‑1 (MQ=255) cGGATCTGCGCACTATGTCCCTCCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGa < 1:614230/90‑1 (MQ=255) gATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGAtg > 2:562628/1‑90 (MQ=255) gATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGAtg < 1:70154/90‑1 (MQ=255) gATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGAtg < 1:205468/90‑1 (MQ=255) gcgcACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCg < 1:673236/82‑1 (MQ=255) gcgcACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCg > 2:673236/1‑82 (MQ=255) gcgcACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATgctgct > 2:142867/1‑90 (MQ=255) gcgcACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATgctgct < 2:752941/90‑1 (MQ=255) gcgcACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGGCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATgctgct > 1:143499/1‑90 (MQ=255) gcACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTAc < 1:562628/90‑1 (MQ=255) | CCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTAC > NZ_CP009273/1659495‑1659656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |