| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,003,480 | T→C | F60S (TTC→TCC) | yedK → | SOS response‑associated peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,003,480 | 0 | T | C | 93.5% | 124.5 / ‑0.5 | 46 | F60S (TTC→TCC) | yedK | SOS response‑associated peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (24/19); total (25/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
CCCATTGGCAGATACAACGTCGCGCCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTT‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGCGGCAACCAGTCGTATGTTTAAAC > NZ_CP009273/2003395‑2003566 | cccATTGGCAGATACAACGTCGCGCCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTgg < 2:916731/90‑1 (MQ=255) aTTGGCAGATACAACGTCGCGCCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGa > 2:311500/1‑90 (MQ=255) aTTGGCAGATACAACGTCGCGCCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGa > 2:1009220/1‑90 (MQ=255) cAGATACAACGTCGCGCCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGc < 2:1407156/90‑1 (MQ=255) gATACAACGTCGCGCCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTc > 2:548618/1‑90 (MQ=255) cAACGTCGCGCCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCgg < 2:989618/90‑1 (MQ=255) gTCGCGCCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGAtgg < 2:1255011/90‑1 (MQ=255) gTCGCGCCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGAtgg < 1:1557731/90‑1 (MQ=255) tCGCGCCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGAtggt < 1:480790/90‑1 (MQ=255) gcgtCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGAtggtgg > 1:1211111/1‑90 (MQ=255) gcgcCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGatat > 2:1104705/1‑75 (MQ=255) gcgcCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGatat < 1:1104705/75‑1 (MQ=255) gcgcCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGAtggtgg > 2:1191523/1‑90 (MQ=255) gcgcCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGAtggtgg > 1:1185149/1‑90 (MQ=255) gAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAAc > 2:1535859/1‑90 (MQ=255) aaGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACcgccgc < 2:1211111/90‑1 (MQ=255) gCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGc > 2:305899/1‑90 (MQ=255) gCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATATGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGc > 1:191453/1‑90 (MQ=255) tCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGccc < 1:305899/90‑1 (MQ=255) tCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGccc > 1:815112/1‑90 (MQ=255) tCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGATGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGccc < 1:311500/90‑1 (MQ=255) gTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTT‑CTGGGGATATGCTCCCGGAtgg < 2:1129650/59‑1 (MQ=255) gTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTT‑CTGGGGATATGCTCCCGGAtgg > 1:1129650/1‑59 (MQ=255) gTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCcgcg > 2:1055500/1‑90 (MQ=255) aaCGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAg > 2:1217078/1‑90 (MQ=255) cGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGccc < 1:1164993/82‑1 (MQ=255) cGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGccc > 2:1164993/1‑82 (MQ=255) cGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGaa > 1:570398/1‑90 (MQ=255) tgaACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGc > 2:661067/1‑90 (MQ=255) tgaACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGc > 2:73443/1‑90 (MQ=255) tgaACACCTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGc > 1:269548/1‑90 (MQ=255) ccTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATaa < 2:653020/51‑1 (MQ=255) ccTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATaa > 1:653020/1‑51 (MQ=255) ccTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGCGGCAAc > 1:1032259/1‑90 (MQ=255) cTTCATCTGGATCCGTTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGCGGCAAcc < 1:23311/90‑1 (MQ=255) cTTCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCCCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGCGGCAAcc < 2:1165523/90‑1 (MQ=255) tCATCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGCGGCAACCAg < 1:890816/90‑1 (MQ=255) aTCTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGCGGCAACCAGTc > 2:462394/1‑90 (MQ=255) cTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGCGGCAACCAGTCGt < 1:311442/90‑1 (MQ=255) cTGGATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCCCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGCGGCAACCAGTCGt < 1:1196727/90‑1 (MQ=255) gATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGccc < 2:1528723/61‑1 (MQ=255) gATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGccc > 1:1528723/1‑61 (MQ=255) gATCCGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGCGGCAACCAGTCGTATg > 2:719202/1‑90 (MQ=255) gaccGGTTTTCCGGGGGATATCCCCCGGGATGGTGGGAAAACCCGCCGCTGATTAACCCCCGCGTAGAAACTGCGGCAACCAGTCGTATg < 1:830401/88‑1 (MQ=255) ccGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGccc > 2:1103370/1‑58 (MQ=255) ccGGTTTC‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGccc < 1:1103370/58‑1 (MQ=255) tttc‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGCGGCAACCAGTCGTATGTTTAAAc < 1:1535859/90‑1 (MQ=255) | CCCATTGGCAGATACAACGTCGCGCCGGGAACCAAAGTCCTACTGCTCAGTGAACGTGATGAACACCTTCATCTGGATCCGGTTTT‑CTGGGGATATGCTCCCGGATGGTGGGATAAACCGCCGCTGATTAACGCCCGCGTAGAAACTGCGGCAACCAGTCGTATGTTTAAAC > NZ_CP009273/2003395‑2003566 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |