Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,982,555 | T→C | F232S (TTC→TCC) | yqeI → | transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,982,555 | 0 | T | C | 94.7% | 217.6 / 4.4 | 75 | F232S (TTC→TCC) | yqeI | transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base C (26/45); total (28/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.47e-01 |
ATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCC > NZ_CP009273/2982470‑2982641 | aTTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCct > 2:94116/1‑90 (MQ=255) aTTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCct < 2:1138752/90‑1 (MQ=255) gATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCtt > 2:311559/1‑90 (MQ=255) gATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCtt > 1:1018593/1‑90 (MQ=255) tGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCctct > 1:1179548/1‑87 (MQ=255) tGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCctct < 2:1179548/87‑1 (MQ=255) tGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGc > 2:1049137/1‑90 (MQ=255) gTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCaaa > 2:711412/1‑90 (MQ=255) gTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCaaa > 1:1453039/1‑90 (MQ=255) tGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAAt > 1:794089/1‑90 (MQ=255) agTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCAc > 2:528704/1‑90 (MQ=255) gTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCAcc > 2:1169790/1‑90 (MQ=255) gTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCAcc > 2:526313/1‑90 (MQ=255) gTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCAcc > 1:1111973/1‑90 (MQ=255) gTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCAcc > 1:1335699/1‑90 (MQ=255) 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tACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCa < 2:364316/90‑1 (MQ=255) ggATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGc < 1:820843/85‑1 (MQ=255) ggATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGc > 2:820843/1‑85 (MQ=255) ggATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATaa > 2:91627/1‑90 (MQ=255) ggATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATaa > 1:1205040/1‑90 (MQ=255) gATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATaaa < 2:647099/90‑1 (MQ=255) gATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATaaa < 1:201698/90‑1 (MQ=255) gATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATaaa < 2:1294655/90‑1 (MQ=255) 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ccGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAAc < 2:57686/90‑1 (MQ=255) ccGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAAc < 2:19820/90‑1 (MQ=255) ccGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAAc < 2:146647/90‑1 (MQ=255) ccGTGGTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAAc < 1:711412/90‑1 (MQ=255) gTTATACTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGttt < 2:52594/90‑1 (MQ=255) ataCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAc < 2:1108520/90‑1 (MQ=255) aCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAccc < 1:171692/90‑1 (MQ=255) aCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAccc < 2:53869/90‑1 (MQ=255) aCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAccc < 1:433432/90‑1 (MQ=255) aCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAccc < 2:1297709/90‑1 (MQ=255) aCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAccc < 2:809008/90‑1 (MQ=255) aCTCCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAAccc < 2:1513467/90‑1 (MQ=255) | ATTGATGGGTTGAAAGAGTTCGATAAATATAAAACACGGATACTGGATTCGGGGATTAACTGTAAAAAACATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCC > NZ_CP009273/2982470‑2982641 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |