Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NZ_CP009273	4,409,638	T→C	intergenic (‑196/‑159)	ulaG ← / → ulaA	L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NZ_CP009273	4,409,638	0	T	C	100.0%	152.5 / NA	46	intergenic (‑196/‑159)	ulaG/ulaA	L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (20/26);  total (20/26)

GGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGA  >  NZ_CP009273/4409552‑4409717                                                                                       |                                                                                gggAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGt                                                                              >  1:667549/1‑90 (MQ=255)     aGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtg                                                                          <  2:1413703/90‑1 (MQ=255)     aGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtg                                                                          <  1:275210/90‑1 (MQ=255)       ttgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg                                                                        <  2:805679/90‑1 (MQ=255)       ttgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg                                                                        >  1:1443564/1‑90 (MQ=255)           tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATc                                                                    <  2:1050258/90‑1 (MQ=255)           tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATc                                                                    >  2:101349/1‑90 (MQ=255)           tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATc                                                                    <  1:241865/90‑1 (MQ=255)             ttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATccc                                                                  <  1:1355904/90‑1 (MQ=255)             ttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATccc                                                                  <  1:16155/90‑1 (MQ=255)               gATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCAc                                                                <  2:372219/90‑1 (MQ=255)               gATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCAc                                                                <  1:835513/90‑1 (MQ=255)                 ttttGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc                                                              <  2:608098/90‑1 (MQ=255)                      aGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATcc                                                         >  1:897678/1‑90 (MQ=255)                      aGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATcc                                                         >  2:1467804/1‑90 (MQ=255)                       gTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCa                                                        <  2:1238968/90‑1 (MQ=255)                       gTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCa                                                        <  1:201580/90‑1 (MQ=255)                         aTGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtg                                                      <  2:1446777/90‑1 (MQ=255)                           ggAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtgtg                                                    <  1:406289/90‑1 (MQ=255)                              aaGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGaa                                                 <  1:1040393/90‑1 (MQ=255)                                     aaTGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTg                                          >  1:1061915/1‑90 (MQ=255)                                     aaTGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTg                                          >  2:1440205/1‑90 (MQ=255)                                          aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg                                                                        >  1:1416644/1‑55 (MQ=255)                                          aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg                                                                        <  2:1416644/55‑1 (MQ=255)                                          aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCa                                                        >  1:209270/1‑71 (MQ=255)                                          aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCa                                                        <  2:209270/71‑1 (MQ=255)                                          aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGt                                     >  1:185183/1‑90 (MQ=255)                                          aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGt                                     <  2:680930/90‑1 (MQ=255)                                          aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGt                                     >  1:1442783/1‑90 (MQ=255)                                           aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc                                    >  2:1411854/1‑90 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc                                                              <  2:663404/52‑1 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc                                                              >  1:799065/1‑52 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc                                                              >  1:663404/1‑52 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc                                                              <  2:799065/52‑1 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc                                    >  1:264805/1‑78 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc                                    <  2:264805/78‑1 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa                        >  1:1455725/1‑90 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa                        >  1:763824/1‑90 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa                        >  1:433437/1‑90 (MQ=255)                                                          aaCTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATc                     <  2:1442783/90‑1 (MQ=255)                                                           aCTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCa                    <  2:1152500/90‑1 (MQ=255)                                                                aTGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCataaat               <  2:554048/90‑1 (MQ=255)                                                                aTGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCataaat               <  1:649838/90‑1 (MQ=255)                                                                     tttAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCCCTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCt          <  1:101349/90‑1 (MQ=255)                                                                            ggATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTtgtg   >  2:1089864/1‑90 (MQ=255)                                                                             gATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGa  >  2:1545239/1‑90 (MQ=255)                                                                                       |                                                                                GGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGA  >  NZ_CP009273/4409552‑4409717

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑