| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 476,525 | A→G | intergenic (‑361/+185) | tomB ← / ← acrB | Hha toxicity modulator TomB/efflux RND transporter permease AcrB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 476,525 | 0 | A | G | 96.3% | 80.8 / ‑5.0 | 27 | intergenic (‑361/+185) | tomB/acrB | Hha toxicity modulator TomB/efflux RND transporter permease AcrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (13/13); total (14/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGT > NZ_CP009273/476443‑476608 | ttGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTaa > 1:305307/1‑90 (MQ=255) gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt > 1:1168399/1‑90 (MQ=255) gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt > 2:976092/1‑90 (MQ=255) gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt < 1:892719/90‑1 (MQ=255) tatGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgc < 1:768696/90‑1 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 1:123553/90‑1 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 2:605910/90‑1 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc > 2:282410/1‑90 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 2:1288515/90‑1 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 1:976092/90‑1 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc > 1:846588/1‑90 (MQ=255) taataaCCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGCTATTAAATCTATTAGCGCTACtt < 1:658831/90‑1 (MQ=255) ataaCCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAGATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTaa < 2:11146/90‑1 (MQ=255) aGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAACTGATTATGGGTTATTAAATCTATTATCGCTACTTAATATAAAt > 1:262357/1‑90 (MQ=255) ttACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTa > 2:638583/1‑90 (MQ=255) atTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTGTTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAAt > 2:115891/1‑90 (MQ=255) tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg < 2:1085973/90‑1 (MQ=255) tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg < 2:1323543/90‑1 (MQ=255) gCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTg > 2:1368803/1‑90 (MQ=255) gCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTg > 1:280827/1‑90 (MQ=255) ccTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTgg < 1:1246874/90‑1 (MQ=255) tctAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGtt < 2:1168399/90‑1 (MQ=255) tctAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGtt < 2:705535/90‑1 (MQ=255) gATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTg > 2:685141/1‑90 (MQ=255) aTTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTgg > 1:1497078/1‑90 (MQ=255) aTTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTgg > 2:684273/1‑90 (MQ=255) ttATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGt > 2:1428077/1‑90 (MQ=255) | TTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGT > NZ_CP009273/476443‑476608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |