| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 297,509 | G→C | G30G (GGC→GGG) | paoB ← | aldehyde oxidoreductase FAD‑binding subunit PaoB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 297,509 | 0 | G | C | 82.6% | 58.4 / 7.0 | 23 | G30G (GGC→GGG) | paoB | aldehyde oxidoreductase FAD‑binding subunit PaoB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (7/12); total (8/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
ATCGAGCCCGAGGCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCGCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTCGTTCATAGGTAAACGCCTTCAT > NZ_CP009273/297428‑297598 | aTCGAGCCCGAGGCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGAt > 1:627518/1‑90 (MQ=255) tCGAGCCCGAGGCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATa < 1:774372/90‑1 (MQ=255) gCCCGAGGCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAAtt > 1:768122/1‑90 (MQ=255) gCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCGCCCGCGATAAATTTTGCGcc < 2:733105/90‑1 (MQ=255) gCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGcc < 2:445713/90‑1 (MQ=255) gCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGcc < 1:244881/90‑1 (MQ=255) gCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGcc < 1:116402/90‑1 (MQ=255) cGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGACTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCt < 1:832090/90‑1 (MQ=255) gATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCGCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTg < 1:123066/90‑1 (MQ=255) gATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTg < 2:47129/90‑1 (MQ=255) gggtgggCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCGCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTaa > 1:656286/1‑90 (MQ=255) gggtgggCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTa < 1:566080/89‑1 (MQ=255) gggtgggCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTa > 2:566080/1‑89 (MQ=255) ggtgggCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAg > 2:365774/1‑90 (MQ=255) gTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTgccgcc > 2:672445/1‑90 (MQ=255) ttCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCGCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTgg < 2:719768/90‑1 (MQ=255) gCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTAt < 1:333634/90‑1 (MQ=255) atcaGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACt < 2:453064/90‑1 (MQ=255) tcaGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTc < 2:802450/90‑1 (MQ=255) tCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTg < 2:342201/50‑1 (MQ=255) tCCAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTg > 1:342201/1‑50 (MQ=255) ccAGCAGATTGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTCGTTCAt < 2:691468/90‑1 (MQ=255) ttGGTCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTCGTTCATAGGTAAAc > 2:95603/1‑90 (MQ=255) gcccgcGATAAATTTTGCGCCGGGTACGGGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTCGTTCATAGGTAAACGCCTTCAt < 2:333772/90‑1 (MQ=255) | ATCGAGCCCGAGGCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCGCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTCGTTCATAGGTAAACGCCTTCAT > NZ_CP009273/297428‑297598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |