| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 3,576,634 | A→G | R79R (CGA→CGG) | BW25113_RS17825 → | YrhA family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,576,634 | 0 | A | G | 94.7% | 51.8 / ‑3.2 | 19 | R79R (CGA→CGG) | BW25113_RS17825 | YrhA family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (14/4); total (14/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
GAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAA > NZ_CP009273/3576551‑3576719 | gAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTAttt > 1:737863/1‑90 (MQ=255) tAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCct > 1:24650/1‑90 (MQ=255) aTTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCg < 1:178007/90‑1 (MQ=255) tttttAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTc > 2:612392/1‑90 (MQ=255) tAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGa > 1:398618/1‑90 (MQ=255) tCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTc < 2:125788/90‑1 (MQ=255) gATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTaaa > 1:466387/1‑90 (MQ=255) aTTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTaaaa < 1:723958/90‑1 (MQ=255) aTTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTaaaa < 2:51713/90‑1 (MQ=255) aTCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAAcc > 2:409658/1‑90 (MQ=255) tttAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGt > 1:46477/1‑90 (MQ=255) ttAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTa > 2:217635/1‑90 (MQ=255) cAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAAt > 2:386798/1‑90 (MQ=255) atTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGaaa > 2:822091/1‑90 (MQ=255) aaGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAatg > 1:724813/1‑90 (MQ=255) tAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAAtgatga < 2:560331/90‑1 (MQ=255) aTTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCAt > 2:604117/1‑90 (MQ=255) ttACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATa > 1:824483/1‑90 (MQ=255) tACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATaa > 1:709763/1‑90 (MQ=255) | GAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAA > NZ_CP009273/3576551‑3576719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |