| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 49,903 | T→A | D27E (GAT→GAA) | folA → | type 3 dihydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 49,903 | 0 | T | A | 87.5% | 83.5 / 4.9 | 32 | D27E (GAT→GAA) | folA | type 3 dihydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base A (14/14); total (16/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
TCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAA > NZ_CP009273/49820‑49970 | tcAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAACCGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGcc < 2:704840/90‑1 (MQ=255)tcAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGcc < 2:156189/90‑1 (MQ=255) gATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGtt < 1:223289/90‑1 (MQ=255) tCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTa < 1:829366/90‑1 (MQ=255) tCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTa > 1:373626/1‑90 (MQ=255) cAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTaa > 1:367833/1‑90 (MQ=255) cAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTaa > 2:432842/1‑90 (MQ=255) cAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTaa > 1:108274/1‑90 (MQ=255) aGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTaaa > 2:802897/1‑90 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCaa < 2:261952/90‑1 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAac < 2:242048/90‑1 (MQ=255) cggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCt < 2:570899/90‑1 (MQ=255) cggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCt < 1:36602/90‑1 (MQ=255) cggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCt < 2:400521/90‑1 (MQ=255) cggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCt < 2:309452/90‑1 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCtt > 2:210794/1‑90 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCtt > 2:58521/1‑90 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCtt > 1:25347/1‑90 (MQ=255) gTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:7620/81‑1 (MQ=255) gTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCaa > 2:7620/1‑81 (MQ=255) aGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTtaaataa < 2:829861/90‑1 (MQ=255) aGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTCCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGt < 2:208074/90‑1 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTa > 2:248264/1‑90 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTa > 1:500025/1‑90 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg < 2:89987/90‑1 (MQ=255) aTGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCAt > 2:209358/1‑90 (MQ=255) aTGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGGGATTATGGGCCGCCAt > 2:417037/1‑90 (MQ=255) aaaaCGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCt < 2:749143/90‑1 (MQ=255) aaaCGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTg < 1:248264/90‑1 (MQ=255) cGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGa > 1:299152/1‑90 (MQ=255) aTGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatca > 1:234903/1‑90 (MQ=255) tGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAACTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatcaa > 1:841370/1‑90 (MQ=255) | TCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAA > NZ_CP009273/49820‑49970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |