| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 612,012 | 0 | T | G | 55.0% | 14.0 / 25.4 | 20 | G800G (GGT→GGG) | entF | enterobactin non‑ribosomal peptide synthetase EntF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/9); new base G (11/0); total (11/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.95e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.80e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGGCGCAGGGCTATCTCGGACGCCCCGATCTGACCGCCAGCCGCTTTATTGCCGATCCTT > NZ_CP009273/611923‑612097 | agcagTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGt < 2:369959/90‑1 (MQ=255) gcagTGTGCCGCTTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTg < 1:1106030/90‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGtctt > 2:738523/1‑89 (MQ=255) gtgCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGtctc > 2:640581/1‑90 (MQ=255) gCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGTctctt > 1:247079/1‑89 (MQ=255) tGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGTCTTTTtctccc > 2:374896/1‑88 (MQ=255) gTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGTTTCTTTCTCTCTGGCCtttta > 2:514828/1‑87 (MQ=255) aTGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACt < 1:514828/90‑1 (MQ=255) aTGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACt < 2:890448/90‑1 (MQ=255) aTGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACt < 1:92043/90‑1 (MQ=255) gAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGTCTCTATCTCCCTTGCATTTAACTggg > 2:23885/1‑89 (MQ=255) aTACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGgcgc < 1:157646/90‑1 (MQ=255) aCGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGGCGCAg < 1:596635/90‑1 (MQ=255) cGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGGTTTTTTTTCCCTTGCATTTAACTGGCGCCgg > 2:92043/1‑90 (MQ=255) ggTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGGCGCAGGGc < 2:1084017/90‑1 (MQ=255) ggTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGTTTCTATTTCCCTGGCCTTCAACTGGGGCAgggg > 2:561435/1‑89 (MQ=255) cTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGGCTTTTTTTCACTCGGGTTCCACTGCCGCgggggggt > 1:679464/1‑86 (MQ=255) cTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGGGCTCTTTCTCACCGGCATTCAACTGGCGCCggggggt > 2:506120/1‑86 (MQ=255) cTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGGGATCTCTTTCTCCCCGGCATTTTACTGGCGCCgggggat > 2:340749/1‑86 (MQ=255) aTTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGGCGCAGGGCTATCTCGGa < 2:530452/90‑1 (MQ=255) cGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGGCGCAGGGCTATCTCGGACGCCCCGATCTGACCGCCAGCCGCTTTATTGCCGATCCtt < 2:528822/90‑1 (MQ=255) | AGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCGCCGGGTGTGGCGGGTGATCTCTATCTCACTGGCATTCAACTGGCGCAGGGCTATCTCGGACGCCCCGATCTGACCGCCAGCCGCTTTATTGCCGATCCTT > NZ_CP009273/611923‑612097 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |