| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 53.8% | 24.8 / 26.7 | 26 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/5); new base C (0/14); total (7/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.36e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGG > NZ_CP009273/765591‑765759 | gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 2:458837/1‑90 (MQ=255) ggAATAAAAATGCCAGCCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATACCGGTACGCCAAccgcc < 2:940242/90‑1 (MQ=255) aTTAAAATGCCAGCCCCGGACTCACAACTCCGGGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCGGGTCCGCCAACCGCCGCt < 1:1018072/90‑1 (MQ=255) gCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGc > 1:143111/1‑90 (MQ=255) gACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGCCGCCTAATTTTATTGATTTATACCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGgcg < 2:1111679/90‑1 (MQ=255) caACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCa > 1:401062/1‑90 (MQ=255) ggTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:823435/89‑1 (MQ=255) cggggTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:658751/87‑1 (MQ=255) cGTGGTTTGTTTTCTTGTCGCTTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:947458/90‑1 (MQ=255) cGTGGTTTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTTTTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:261338/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:122236/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCCCCTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1044877/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGCCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:499400/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1028094/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:721568/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:291251/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGCACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:179446/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGCCGCTTAATTTTATTGAGTTTTACCGGTACGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:696302/90‑1 (MQ=255) gCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGt > 1:458977/1‑90 (MQ=255) tttttGTCGCTTAAGTTTTTGGGTTTATCCGGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 1:561076/87‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGCTTAAGTTTATTGATTTATCCCGGACCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 1:95178/90‑1 (MQ=255) cGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTac > 2:469841/1‑90 (MQ=255) tATTGATTTATCCGGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATcc < 1:75296/90‑1 (MQ=255) tATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATcc > 2:370848/1‑90 (MQ=255) tGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAt < 2:445198/90‑1 (MQ=255) gTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATggg > 1:398882/1‑90 (MQ=255) | GGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGG > NZ_CP009273/765591‑765759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |