| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,235,279 | 0 | T | G | 56.2% | 13.2 / 17.9 | 16 | G315G (GGT→GGG) | dadX | catabolic alanine racemase DadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/6); new base G (9/0); total (10/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.74e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.07e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAG > NZ_CP009273/1235200‑1235360 | aCGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTTGTACGc > 1:729929/1‑90 (MQ=255) tGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTg < 2:530514/90‑1 (MQ=255) gcgcACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGa < 2:874014/90‑1 (MQ=255) ccATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCtgt < 1:578137/90‑1 (MQ=255) cATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTTGGAAGCCGGGTGGGGtgtg > 1:844787/1‑90 (MQ=255) gTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGGTGGGCTGTGGGGGAAGGAGATCaaa > 1:277643/1‑90 (MQ=255) gTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCaaa > 1:254599/1‑90 (MQ=255) gTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACGCCGGGTGGGCTGTGGGGGAAGGGGATCaaa > 1:163121/1‑90 (MQ=255) gTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACGCCGGGTGAGGTGTGGGGGAAGGAGATCaaa > 1:438945/1‑90 (MQ=255) atatGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACGCCGGGTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGatgatg > 1:315665/1‑90 (MQ=255) gCTAGCGGTCGATTTGACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTACGCCGGGTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTcgc > 1:272519/1‑90 (MQ=255) cGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACgg < 2:844787/90‑1 (MQ=255) ttGCCCGCAGGCGGGGATTTGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGGACgggggg > 1:519167/1‑90 (MQ=255) cccGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTa < 1:799954/90‑1 (MQ=255) cccGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTa < 2:254599/90‑1 (MQ=255) cAGGCGGGGATTGGTACGCCGGGTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGGACGGGGGGGTATGAg > 1:166426/1‑90 (MQ=255) | ACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAG > NZ_CP009273/1235200‑1235360 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |