| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 766,353 | 0 | T | G | 58.3% | 13.4 / 26.8 | 25 | intergenic (+286/‑561) | mngB/cydA | mannosylglycerate hydrolase/cytochrome ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/7); new base G (14/0); total (18/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.32e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTG > NZ_CP009273/766264‑766436 | tatGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGt < 2:1255731/90‑1 (MQ=255) ggCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGAtt > 2:1192767/1‑90 (MQ=255) ggCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGtt > 1:1281642/1‑90 (MQ=255) ggCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGAtt > 2:1019936/1‑90 (MQ=255) ggCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGAtt > 2:1027521/1‑90 (MQ=255) tGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTTGCTTTTTTAGTAATCCTGAAActc > 1:1227393/1‑90 (MQ=255) tGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGAGGATTTTTTCCTTTTTTTGTAATCCTGATAcat > 2:1265717/1‑88 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAatct > 1:1031857/1‑90 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 1:1192767/90‑1 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 2:648529/90‑1 (MQ=255) aGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATTCCTTTTTTTGTAATCCTGAAACTCTGcgtc > 2:1121261/1‑90 (MQ=255) gttATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTAtt < 1:309363/89‑1 (MQ=255) aTTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATTCCTTTTTTTGTAATCCTGAAAATCTGCGGCGTAtt > 2:357429/1‑90 (MQ=255) taatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTTTCTTTTTTTATAATCCTTAAAATCTTCGTCGTATTTGGCAGTGa > 2:1256715/1‑90 (MQ=255) aatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTAt < 2:918936/79‑1 (MQ=255) aatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTAt > 1:918936/1‑79 (MQ=255) atTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATTCCTTTTTTTATAATCCTTAAAATCTGCGTCGTATTTGCCAGTGAcc > 2:309363/1‑90 (MQ=255) atTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGAcc > 1:437507/1‑90 (MQ=255) tAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGGTTTATGCCTCTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt > 1:65806/1‑64 (MQ=255) tAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTCTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 2:65806/64‑1 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATTGCTTTTTTATTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaaaaaa > 2:1036477/1‑90 (MQ=255) gTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTc < 2:1021455/90‑1 (MQ=255) aaTATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAAc < 1:66308/90‑1 (MQ=255) tGGCGGGGGGGGTTTTTGTCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGGATTTGGCAGGGACCAAAAAAAGAAATAAGGTCAACCGTGc > 2:647864/1‑90 (MQ=255) tGGCGGGGGGGGGTTATGGCTTTATTTGTAATCCTTAAACTTTTCGGCGTTTTAGCCAGGGACCAAAAAAAGAATTAAGGGCAACCGGGc > 2:565608/1‑90 (MQ=255) gCGGGGTGGATTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGGATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTg > 2:756906/1‑90 (MQ=255) | TATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTG > NZ_CP009273/766264‑766436 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |