| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,235,279 | 0 | T | G | 66.7% | 4.9 / 11.8 | 15 | G315G (GGT→GGG) | dadX | catabolic alanine racemase DadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/5); new base G (10/0); total (10/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.27e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTA > NZ_CP009273/1235199‑1235356 | gACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACg < 1:1081856/90‑1 (MQ=255) aCGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTACGc > 1:965600/1‑90 (MQ=255) gCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTTGTACGCCgg > 1:714869/1‑90 (MQ=255) gCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTAGGCCgg > 1:939169/1‑90 (MQ=255) gTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACGCCgggt > 1:463697/1‑88 (MQ=255) tGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTg < 2:355133/90‑1 (MQ=255) ccATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCtgt < 2:500081/90‑1 (MQ=255) tGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTTGTACGCCCGGTGAGCTGTggg > 1:1201732/1‑90 (MQ=255) gTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGGTTGGGACGCCGGGTGGGCTGTGGGGCCAg > 1:737197/1‑90 (MQ=255) ggggACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACGCCGGTTGGGCTGTGGGGGAAGga > 1:999443/1‑90 (MQ=255) cGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTTGTACGCCGGGTGGGCTGTGGGGCCAGGAGATcca > 1:639335/1‑88 (MQ=255) atatGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTTGTAGGCCGGTTGAGGTGTGGGGCAAAGAGATGAAAATTGaggatg > 1:649731/1‑90 (MQ=255) gTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTACGCCGGGTGGGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCt > 1:1074363/1‑90 (MQ=255) cGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAGAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACgg < 2:999443/90‑1 (MQ=255) cccGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTa < 1:947951/90‑1 (MQ=255) | GACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTA > NZ_CP009273/1235199‑1235356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |