Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NZ_CP009273	4,409,638	T→C	intergenic (‑196/‑159)	ulaG ← / → ulaA	L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NZ_CP009273	4,409,638	0	T	C	100.0%	136.3 / NA	40	intergenic (‑196/‑159)	ulaG/ulaA	L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (18/22);  total (18/22)

GGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGAT  >  NZ_CP009273/4409552‑4409718                                                                                       |                                                                                 gggAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGt                                                                               <  1:361397/90‑1 (MQ=255) gggAAGTTGTCGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGt                                                                               <  2:1032070/90‑1 (MQ=255)       ttgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTGAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg                                                                         <  2:821367/90‑1 (MQ=255)       ttgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg                                                                         <  2:535569/90‑1 (MQ=255)           tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATc                                                                     <  1:1076455/90‑1 (MQ=255)           tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATc                                                                     >  1:85081/1‑90 (MQ=255)            gttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATcc                                                                    <  2:699137/90‑1 (MQ=255)             ttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATccc                                                                   <  2:1215286/90‑1 (MQ=255)             ttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATCAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGGGTGAATccc                                                                   <  1:839080/90‑1 (MQ=255)                 ttttGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAGTTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc                                                               <  2:898613/90‑1 (MQ=255)                 ttttGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc                                                               <  1:718223/90‑1 (MQ=255)                       gTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCa                                                         <  2:250520/90‑1 (MQ=255)                          tGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtgt                                                      <  2:237498/90‑1 (MQ=255)                           ggAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtgtg                                                     <  2:244552/90‑1 (MQ=255)                           ggAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtgtg                                                     <  1:655569/90‑1 (MQ=255)                                gATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAatt                                                <  1:765047/90‑1 (MQ=255)                                 aTTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTGTCCATGTGGAatta                                               >  2:635254/1‑90 (MQ=255)                                      aTGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGc                                          >  2:438344/1‑90 (MQ=255)                                          aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATccc                                                                   <  1:91058/61‑1 (MQ=255)                                          aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATccc                                                                   >  2:91058/1‑61 (MQ=255)                                          aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGt                                      >  2:554756/1‑90 (MQ=255)                                           aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc                                     >  1:191796/1‑90 (MQ=255)                                           aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc                                     <  2:191796/90‑1 (MQ=255)                                           aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc                                     >  1:777727/1‑90 (MQ=255)                                                tAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTc                                <  1:483821/90‑1 (MQ=255)                                                  aTTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTcac                              >  2:1013737/1‑90 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCATATTTa                         >  1:73773/1‑90 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa                         >  2:523039/1‑90 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa                         >  2:1068653/1‑90 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa                         >  2:1089073/1‑90 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa                         >  1:485430/1‑90 (MQ=255)                                                       aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa                         >  1:10893/1‑90 (MQ=255)                                                          aaCTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATc                      <  2:953393/90‑1 (MQ=255)                                                                aTGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCataaat                <  1:199402/90‑1 (MQ=255)                                                                    aTTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATc            >  2:803963/1‑90 (MQ=255)                                                                     tttAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCt           <  1:1049912/90‑1 (MQ=255)                                                                            ggATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTtgtg    >  1:64478/1‑90 (MQ=255)                                                                              aTAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACAttt                          <  2:169324/66‑1 (MQ=255)                                                                              aTAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACAttt                          >  1:169324/1‑66 (MQ=255)                                                                              aTAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGAt  >  2:1101673/1‑90 (MQ=255)                                                                                       |                                                                                 GGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGAT  >  NZ_CP009273/4409552‑4409718

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑