| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 757,993 | 0 | A | C | 53.8% | 10.3 / 14.8 | 13 | N339T (AAC→ACC) | odhB | 2‑oxoglutarate dehydrogenase complex dihydrolipoyllysine‑residue succinyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/1); new base C (0/7); total (5/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAAGCTGACCGTTGAAGATCTGACCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGA > NZ_CP009273/757904‑758079 | caggCTGCCCGTTGAAGATCTGACCGGTGGTAACTCCCCCACCCCCACCGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCaa < 2:108968/87‑1 (MQ=255) gACCGTTGAAGATCTGACCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACccgcc > 2:129906/1‑90 (MQ=255) gTTGAAGTTCTGCCGGGTGGTACCTTCCCCATCCCCACGGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTCCGCCGATCATCACCCCGCCGCag < 2:127563/90‑1 (MQ=255) ttGAAGATCTGACCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCaga > 2:163751/1‑90 (MQ=255) aaCTTCCCCACCCCCACCGGTGGTGTTTTCGGTTCCCTGATGTCTCCGCCGATCACCACCCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCAc < 2:81539/90‑1 (MQ=255) cTTCCCCATCCCCAACGGTGGTGTGTTCGGTCCCCTGATGTCTCCCCCGATCATCACCCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGc < 2:97913/90‑1 (MQ=255) cTTCCCCACCACCAACGGGGGTGTGTTCGGTCCCCTGATGTCTCCGCCGATCACCACCCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGc < 2:35310/90‑1 (MQ=255) caccatcaccaACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTAt > 1:109292/1‑90 (MQ=255) ccttGATGTCTCCGCCGATCACCACCCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTc < 1:178757/87‑1 (MQ=255) cccTGATGTCTCCGCCGATCATCACCCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTc < 2:364872/90‑1 (MQ=255) gATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTa < 1:60330/44‑1 (MQ=255) gATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTa > 2:60330/1‑44 (MQ=255) aatcatcACCCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGcc < 2:7437/89‑1 (MQ=255) tcaACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGACAGGTTGAGATCCTGCCgatga > 2:18043/1‑90 (MQ=255) | CAAGCTGACCGTTGAAGATCTGACCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGA > NZ_CP009273/757904‑758079 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |