Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 3,347,716 | A→G | intergenic (‑307/‑368) | yhcC ← / → gltB | TIGR01212 family radical SAM protein/glutamate synthase large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,347,716 | 0 | A | G | 100.0% | 39.3 / NA | 12 | intergenic (‑307/‑368) | yhcC/gltB | TIGR01212 family radical SAM protein/glutamate synthase large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (11/1); total (11/1) |
TCATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGC > NZ_CP009273/3347629‑3347799 | tCATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGGAt > 1:285566/1‑90 (MQ=255) aGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGGATTGACTGTTTCTCTAACg < 2:266747/90‑1 (MQ=255) cTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGGATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCtttt > 1:359104/1‑90 (MQ=255) ggATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGGATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTa > 2:303780/1‑90 (MQ=255) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGGATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 2:210574/1‑90 (MQ=255) tAACACACCTTTATGACAGTCAGGGATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 2:79883/1‑90 (MQ=255) acCTTTATGACAGTCAGGGATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTtaat > 1:159686/1‑90 (MQ=255) acCTTTATGACAGTCAGGGATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTtaat > 2:278927/1‑90 (MQ=255) ccTTTATGACAGTCAGGGATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTtaata > 2:41454/1‑90 (MQ=255) aGTCAGGGATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTg > 1:11318/1‑90 (MQ=255) aGTCAGGGATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTg > 2:31384/1‑90 (MQ=255) gTCAGGGATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTgc > 1:266366/1‑90 (MQ=255) | TCATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGC > NZ_CP009273/3347629‑3347799 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |