Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NZ_CP009273	4,409,638	T→C	intergenic (‑196/‑159)	ulaG ← / → ulaA	L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NZ_CP009273	4,409,638	0	T	C	100.0%	42.3 / NA	14	intergenic (‑196/‑159)	ulaG/ulaA	L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (5/9);  total (5/9)

GAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCA  >  NZ_CP009273/4409554‑4409699                                                                                     |                                                              gAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtg                                                          <  2:338421/90‑1 (MQ=255)     ttgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg                                                      <  2:356447/90‑1 (MQ=255)           ttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATccc                                                <  1:6319/90‑1 (MQ=255)             gATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCAc                                              <  1:493613/90‑1 (MQ=255)             aaTTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCAc                                              <  1:183811/89‑1 (MQ=255)               ttttGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc                                            <  1:119140/90‑1 (MQ=255)                                        aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGt                   >  1:306471/1‑90 (MQ=255)                                                     aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGt                                                            <  1:2063/36‑1 (MQ=38)                                                     aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGt                                                            >  1:471823/1‑36 (MQ=38)                                                     aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGt                                                            >  2:2063/1‑36 (MQ=38)                                                     aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGt                                                            <  2:471823/36‑1 (MQ=38)                                                     aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa      >  1:290290/1‑90 (MQ=255)                                                     aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa      >  2:391416/1‑90 (MQ=255)                                                         aCTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCa  <  2:158827/90‑1 (MQ=255)                                                                                     |                                                              GAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCA  >  NZ_CP009273/4409554‑4409699

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑