| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 108,789 | 0 | T | C | 51.3% | 29.4 / 42.3 | 37 | S100G (AGC→GGC) | zapD | cell division protein ZapD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/7); new base C (0/19); total (11/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.72e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCTGGGATGCTCAGTCGCTGACGCACCAGAGCAATCAAACGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTCCACGCCAGGCACGCCAATCCAGGTCTGGAGTTTACGTTGC > NZ_CP009273/108700‑108877 | gccTGGGATGCTCAGTCGCTGACGCACCAGAGCAATCAAACGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCt > 2:430839/1‑90 (MQ=255) gATGCTCAGTCGCTGACGCACCAGAGCAATCAAACGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGGGAAAATTAATCCGCCCCccgc < 2:408098/90‑1 (MQ=255) gTCGCTGACGCACCAGAGCAATCAAACGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTa > 1:816200/1‑90 (MQ=255) tGACGCCCCAGAGCAATCAAACGATCTTCACGAAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGAAAATTAATACGCCCCCCGCCGCTTTTAActgc < 1:698093/90‑1 (MQ=255) cACCAGAGCAATCAAACGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAAt > 1:500752/1‑90 (MQ=255) cACCAGAGCAATCAAACGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAAt > 2:422758/1‑90 (MQ=255) agagCAATCAAACGATCTTCACGCAAAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAAt < 1:364574/90‑1 (MQ=255) agagCAATCAAACGATCTCCCCGCAAAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATCCGCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAAt < 2:171232/90‑1 (MQ=255) agagCAATCAAACGATCTCCACGAAAAAATTCCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATCCGCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAAt < 1:742064/90‑1 (MQ=255) agagCAATAAAACGATCTTCCCGCAAAATTTGCCCGATACGGGGCGCGGAAATTAATCCCCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAAt < 2:791564/90‑1 (MQ=255) agagAAATCAAACGATCTTCACGCAAAAATTGCCCGATCCGCGGCGCGAAAATTAATACCCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAAt < 1:846111/90‑1 (MQ=255) gCAATCAAACGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCt > 1:301127/1‑90 (MQ=255) aaTCAACCGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTc < 1:18882/90‑1 (MQ=255) aaTCAACCGATCTCCACGAAAAATTTGCCCGATCCGCGGCGCGGAAATTAATCCGCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTc < 1:806567/90‑1 (MQ=255) aaTCAAACGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTc < 1:261333/90‑1 (MQ=255) aaTCAAACGACCTTCCCGCAAAATTTCCCCGATCCGCGGCGGGAAAATTAATCCGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTc < 2:593182/90‑1 (MQ=255) aaTAAAACGCTCTTCCCGCAAAAATTCCCCGATACGCGGCGGGGAAATTAATCCGCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTc < 2:258621/90‑1 (MQ=255) aaTAAAACGATCTTCCCGCAAAAATTCCCCGATCCGCGGCGGGAAAATTAATCCCCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTc < 2:418319/90‑1 (MQ=255) aTCAAACGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCccgc > 2:277617/1‑62 (MQ=255) aTCAAACGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCccgc < 1:277617/62‑1 (MQ=255) aaaCGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATCCGCGGCGCGGAAATTAATCCGCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATa < 2:71643/90‑1 (MQ=255) aaCGATCTTCCCGCAGAAATTGCCCGATCCGCGGCGCGGAAATTAATACGCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATAc < 1:659420/90‑1 (MQ=255) aaCGATCTCCACGAAAAAATTCCCCGATACGCGGCGCGAAAATTAATCCCCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATAc < 2:301127/90‑1 (MQ=255) aaCAATCTCCACGCAAAAATTCCCCGATCCGCGGCGCGAAAATTAATCCGCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATAc < 2:500752/90‑1 (MQ=255) tctcCACGCAGAAATTCCCCGATCCGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGctc < 1:212354/90‑1 (MQ=255) tCTTCACGCAAAAATTCCCCGATCCGCGGCGCGAAAATTAATCCCCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGctc < 2:404253/90‑1 (MQ=255) cTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATCCGCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGctct < 1:396566/90‑1 (MQ=255) ccGCAAAAATTCCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATCCGCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTc < 1:559511/89‑1 (MQ=255) aCGAAGAAATTCCCCGATACGCGGCGCGAAAATTAATACGCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTc < 1:440121/90‑1 (MQ=255) gAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTCCACGc > 2:535737/1‑90 (MQ=255) tccccGATCGGCGGGGGGAAAATAAATCCCCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTCCACGCCAGGc < 2:841876/88‑1 (MQ=255) gATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTCCACGCCAGGCACGcc > 2:847628/1‑90 (MQ=255) ggggcgggaAAATTAATCCCCCCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTCCACGCCAGGCACGCCAATcc < 1:670195/88‑1 (MQ=255) cggcgcggAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTCCACGCCAGGCACGCCAATCCa > 2:324568/1‑90 (MQ=255) cGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTcc > 1:74559/1‑53 (MQ=255) cGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTcc < 2:74559/53‑1 (MQ=255) cGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTCCACGCCAGGCACGCCAATCCAGGTCTGGAGTTTACGtt > 2:785100/1‑90 (MQ=255) cTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTCCACGCCAGGCACGCCAATCCAGGTCTGGAGTTTACGTtgc > 1:667445/1‑90 (MQ=255) | GCCTGGGATGCTCAGTCGCTGACGCACCAGAGCAATCAAACGATCTTCACGCAGAAATTGCCCGATACGCGGCGCGGAAATTAATACGCTCCCCGCCGCTTTTAACTGCTGAATTAATGCTTCAATACGGCTCTGGTCCACGCCAGGCACGCCAATCCAGGTCTGGAGTTTACGTTGC > NZ_CP009273/108700‑108877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |