| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 53.8% | 23.1 / 29.6 | 26 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/5); new base C (0/14); total (7/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.20e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAT > NZ_CP009273/765589‑765756 | cTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCg > 1:906205/1‑90 (MQ=255) ttcaaaaTCCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGTTTTTTTTTCCCCAAACTTTATTGATTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCt < 2:392715/87‑1 (MQ=255) aTTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCt < 2:314839/90‑1 (MQ=255) aaTGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGgtgt < 2:100537/90‑1 (MQ=255) cccGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTcagca < 2:67649/90‑1 (MQ=255) aCGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCt > 1:883723/1‑90 (MQ=255) aCGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCt > 2:212942/1‑90 (MQ=255) ggTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTAAACCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:217177/89‑1 (MQ=255) cggggTCTGTTTTCTTGCCGCCAAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:860839/87‑1 (MQ=255) cGTGTTCTGTTTTCTTGCCCCCTAAGTTTATTGGGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1070388/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTTTTTTCTTGTCCCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1038345/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCAAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:399834/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:433667/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGCCCCCTAATTTTATGGGTTTATCCCGGTCCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:883723/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAAGTTTTTTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:477041/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:425679/90‑1 (MQ=255) gTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTc > 1:860839/1‑90 (MQ=255) cTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCt > 1:72406/1‑54 (MQ=255) cTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCt < 2:72406/54‑1 (MQ=255) gtttttttGCCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCCCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGt < 2:401257/88‑1 (MQ=255) cTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTa > 1:839087/1‑90 (MQ=255) tttCTTGCCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTAc < 1:203391/90‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGCCTAAGTTTTTTGATTTATCCGGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 2:1000507/90‑1 (MQ=255) cGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTac > 1:824597/1‑90 (MQ=255) aattttATTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTAcaacaa < 2:408871/87‑1 (MQ=255) tGAGTTATCCCGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAt < 2:147957/90‑1 (MQ=255) | CTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAT > NZ_CP009273/765589‑765756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |