| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,738,462 | 0 | A | C | 54.0% | 30.4 / 43.8 | 37 | G79G (GGT→GGG) | trmD | tRNA (guanosine(37)‑N1)‑methyltransferase TrmD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/6); new base C (0/20); total (11/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.97e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATC > NZ_CP009273/2738373‑2738548 | aTCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCa > 2:1220995/1‑90 (MQ=255) attttttGATTCGTTGCCGTTTCGCTGACGCCCGCTTGATAAAGCTTGGGTCCGTGTGGTGAAAGATACTTCACCTTTGCGCTTTCcccc < 1:1220995/88‑1 (MQ=255) aaTTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCAccc > 1:766440/1‑90 (MQ=255) tttGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCccgccg < 2:786720/90‑1 (MQ=255) tGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCcgcg < 2:393976/90‑1 (MQ=255) tGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCcgcg > 2:1162825/1‑90 (MQ=255) cGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCttt > 1:309665/1‑90 (MQ=255) tttcccAGTTCGCTGCCGCCCCCTTAATCACGCTTGCCTCCCTGTGGTGACAGAAAAATCACCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCtttt < 1:973951/86‑1 (MQ=255) gCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTtgct < 2:309665/90‑1 (MQ=255) gCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTtgct < 2:392628/90‑1 (MQ=255) gTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCAt > 1:319204/1‑90 (MQ=255) ttCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATg < 2:515021/90‑1 (MQ=255) cgACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCTTGTGGGGACAGAAAAATCCCCTTTGCCCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATgg < 1:901785/89‑1 (MQ=255) gCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTc < 1:1135806/90‑1 (MQ=255) cTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGGGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCa < 1:641696/90‑1 (MQ=255) ttGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAACCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCaa < 2:26233/90‑1 (MQ=255) aGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGc < 1:391057/90‑1 (MQ=255) cTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCTTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc < 1:780711/90‑1 (MQ=255) cTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc < 2:172636/90‑1 (MQ=255) cTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc < 2:538149/90‑1 (MQ=255) cTTGCGTCCCTGTGGTGACAGAAAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc < 2:766440/90‑1 (MQ=255) cTTGCGTCCCTGTGGTGACAGAAAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc < 1:43715/90‑1 (MQ=255) cTTGCGTCCCTGTGGTGACAGAAAAACCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc < 1:467466/90‑1 (MQ=255) cTTGCGCCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc < 1:480692/90‑1 (MQ=255) ttGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAcc < 1:271559/90‑1 (MQ=255) gCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACcat > 1:1206674/1‑90 (MQ=255) gTCCTTGTGGTGAAAGATAAACCCCCTTGCCCCCTCCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACcatca < 1:584386/90‑1 (MQ=255) ccTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTa < 2:84698/90‑1 (MQ=255) tgtgGTGACAGATAAACCCCCTTTGCCCCTCCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAAc < 1:1116482/90‑1 (MQ=255) ggtgACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATc > 1:245418/1‑90 (MQ=255) gACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATcccc > 1:1083891/1‑90 (MQ=255) cAGATAAACCCCCTTTGCGCCTCCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCgg < 1:694342/90‑1 (MQ=255) aTAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTcc > 2:161502/1‑90 (MQ=255) aaaTCACTTTGGCGCCTCCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTccgc < 2:1206674/90‑1 (MQ=255) aaTCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTccgcc < 2:837336/90‑1 (MQ=255) aaTCCCCTTTGCCCCTCCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTccgcc < 2:1103228/90‑1 (MQ=255) ttGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAg > 1:967297/1‑90 (MQ=255) gcgcCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGa > 2:284988/1‑90 (MQ=255) ttCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATc > 2:1168807/1‑90 (MQ=255) | ATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATC > NZ_CP009273/2738373‑2738548 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |