Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NZ_CP009273	3575397	3575430	34	9 [0]	[1] 2	hcp	Hcp1 family type VI secretion system effector

AATCGTTGGCAGAGCGGGCATGAGGATGAAATATTTACATTCTCACTCTTAAATAATATTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCAT  >  NZ_CP009273/3575307‑3575396                                                                                          | aaTCGTTGGCAGAGCGGGCATGAGGATGAAATATTTACATTCTCACTCTTAAATAATATTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCAt  <  1:10937/90‑1 (MQ=255) aaTCGTTGGCAGAGCGGGCATGAGGATGAAATATTTACATTCTCACTCTTAAATAATATTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCAt  <  1:450977/90‑1 (MQ=255) aaTCGTTGGCAGAGCGGGCATGAGGATGAAATATTTACATTCTCACTCTTAAATAATATTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCAt  <  1:60710/90‑1 (MQ=255) aaTCGTTGGCAGAGCGGGCATGAGGATGAAATATTTACATTCTCACTCTTAAATAATATTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCAt  <  2:142297/90‑1 (MQ=255) aaTCGTTGGCAGAGCGGGCATGAGGATGAAATATTTACATTCTCACTCTTAAATAATATTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCAt  <  2:368005/90‑1 (MQ=255) aaTCGTTGGCAGAGCGGGCATGAGGATGAAATATTTACATTCTCACTCTTAAATAATATTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCAt  <  2:65902/90‑1 (MQ=255) aaTCGTTGGCAGAGCGGGCATGAGGATGAAATATTTACATTCTCACTCTTAAATAATATTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCAt  <  2:91826/90‑1 (MQ=255)                      gAGGATGAAATATTTACATTCTCACTCTTAAATAATATTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCAt  <  1:17856/69‑1 (MQ=255)                      gAGGATGAAATATTTACATTCTCACTCTTAAATAATATTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCAt  >  2:17856/1‑69 (MQ=255)                                                                                          | AATCGTTGGCAGAGCGGGCATGAGGATGAAATATTTACATTCTCACTCTTAAATAATATTAATAATACGGGGCTTGGTTCACAGTTCCAT  >  NZ_CP009273/3575307‑3575396

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑