| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 797,574 | 0 | A | C | 60.0% | 9.0 / 12.3 | 15 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | anion permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/2); new base C (0/9); total (4/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.34e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACC > NZ_CP009273/797501‑797660 | cccTGTCGTATTTTTAATTGCCTTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGAAACTTACCCGCCGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAg < 2:72944/89‑1 (MQ=255) gTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGt > 1:339400/1‑90 (MQ=255) tCGTATTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGtt < 1:632352/90‑1 (MQ=255) tCGTATTGTTATTTGCCGTTGCTCCCTAAGGGGTGGGGGTGGGTAACTTCCCCGAGGGTGTTTTAAAACCCCCCGCCGTATTAAGCGGtt < 2:499677/90‑1 (MQ=255) tCGTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGGGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGtt < 1:630750/90‑1 (MQ=255) tCGTACTTTTAATTGCCGTTGCTCCCCCAAGGGTGGGGGTCGGTAACTTACCCGCGGGTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGtt < 2:49621/90‑1 (MQ=255) tCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGtt < 1:630553/90‑1 (MQ=255) ttttGTTATTTGCTGTTGCTGCCCCAATGGTGGGGGTCGGTATTTTTTCCGACGGTGCTTTTAAACCCCCCGCCGTATTAAGCGGTTAct < 2:678234/87‑1 (MQ=255) aaTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGGGGTGGGGGGTAATTTACCCGCGGGTGCTTTTAAACCCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg < 2:544977/90‑1 (MQ=255) ctttGCGGCCTAAAGGGTGGTGGTGGGTACTTTTCCCGCGGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccac < 2:240481/88‑1 (MQ=255) gTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccgccg < 1:129271/61‑1 (MQ=255) gTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccgccg > 2:129271/1‑61 (MQ=255) gTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccacc > 1:93887/1‑90 (MQ=255) ctcccTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGCCGGGGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggc < 1:10151/87‑1 (MQ=255) tggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCGGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCgg > 1:290194/1‑90 (MQ=255) aaaaCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccacc < 2:93887/90‑1 (MQ=255) | ACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACC > NZ_CP009273/797501‑797660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |