| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,430,449 | 0 | A | C | 62.5% | 4.2 / 11.7 | 16 | G234G (GGT→GGG) | ompN | porin OmpN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/2); new base C (0/10); total (4/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.24e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.57e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGT > NZ_CP009273/1430366‑1430538 | cgtgTTTTTGAATACAGGTTCGCCAGATAAATATTGTTAGCATCGTTTTTAAGCCAAGCACCCCACGCGCCTGTTTTATCCCCCCccgcc < 2:420296/87‑1 (MQ=255)cgcgTTTCTAAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCCCccgcc < 2:281823/90‑1 (MQ=255) gcgTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACccgccg > 1:507505/1‑90 (MQ=255) tttCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAg > 2:83265/1‑90 (MQ=255) aaTACATGGTTGCCAGGTAAATTTTGTTAGCATCGTTTTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGTTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGt < 2:39243/90‑1 (MQ=255) aaaTATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGc < 1:83265/90‑1 (MQ=255) ttttttAGCATCGTCTTTTACCCCAGCAGTCCACGCGTCTCCTTTATCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTc < 2:339438/86‑1 (MQ=255) gTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCaga > 1:12017/1‑90 (MQ=255) tAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCCCGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCagaag < 1:210634/90‑1 (MQ=255) cGTTTTTTACCCCAGCAGCCCCCGCGTCTGTTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGgtgt < 2:136473/90‑1 (MQ=255) gCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTc < 1:248785/70‑1 (MQ=255) gCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTc > 2:248785/1‑70 (MQ=255) agcagTCCACGCGTCTGCTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAgc < 2:77874/90‑1 (MQ=255) tCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTaa < 1:3881/90‑1 (MQ=255) ttttACCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 1:442832/89‑1 (MQ=255) ttATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTaaa < 2:183481/90‑1 (MQ=255) caccCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATAtg > 2:461727/1‑90 (MQ=255) accCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATAtgt > 1:150437/1‑90 (MQ=255) | CGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGT > NZ_CP009273/1430366‑1430538 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |