| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 49,905 | T→G | L28R (CTC→CGC) | folA → | type 3 dihydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 49,905 | 0 | T | G | 96.9% | 95.6 / NA | 32 | L28R (CTC→CGC) | folA | type 3 dihydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (13/18); total (14/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
CAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGAC > NZ_CP009273/49821‑49991 | cAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCt > 1:21884/1‑90 (MQ=255) aaTGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTg < 1:80154/90‑1 (MQ=255) tCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTa < 2:101737/90‑1 (MQ=255) tCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTa < 2:36319/90‑1 (MQ=255) tCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTa > 1:36319/1‑90 (MQ=255) cAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTaa > 2:73209/1‑90 (MQ=255) cAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTaa > 2:330651/1‑90 (MQ=255) gTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAAc < 2:184622/90‑1 (MQ=255) cggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCt < 1:330651/90‑1 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCtt > 2:193025/1‑90 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCtt > 2:300707/1‑90 (MQ=255) ggcgTTAGCGGGAGCACGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCCCGCGGTGTATGCGGCCTTCCCATCTCTCCCGGTTTAATAGCAAGTCCtt > 2:183140/1‑90 (MQ=255) ttAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTtaaat > 1:263350/1‑90 (MQ=255) ttAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTtaaat < 2:302238/90‑1 (MQ=255) aGATCGCGTTATCGGCATGGAAACCGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGt < 2:543552/90‑1 (MQ=255) aGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGt < 1:5015/90‑1 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGGACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTTAACGCAACACCTTAAATAAAACCGGGATTa > 2:315644/1‑90 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTa > 2:233068/1‑90 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg < 1:395478/90‑1 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg > 1:24746/1‑90 (MQ=255) ttATCGGCAGGGAAAACGCCATGCCGTGGACCCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg < 2:366604/90‑1 (MQ=255) tATCGGCATGAAAAACGCCATGCCGGGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATggg < 2:152719/90‑1 (MQ=255) tATCGGCAGGAAAACCGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATggg < 2:92606/90‑1 (MQ=255) tCGGCATGGAAAACGCCATGCCGGGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgcc < 1:73209/90‑1 (MQ=255) ggCATGGAAAACGCCATGCCGTGGACCCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgccgc < 2:258768/90‑1 (MQ=255) aaaaCGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCt < 1:471050/90‑1 (MQ=255) gTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCgg > 1:20843/1‑90 (MQ=255) cctgcctgCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTcc < 1:376620/90‑1 (MQ=255) tgcctgccGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGt > 1:190471/1‑90 (MQ=255) gccGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGACTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCa > 1:460085/1‑90 (MQ=255) aTCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGAc < 2:21884/90‑1 (MQ=255) aTCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGAc < 1:383242/90‑1 (MQ=255) | CAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGAC > NZ_CP009273/49821‑49991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |