| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,430,449 | 0 | A | C | 64.7% | 6.7 / 12.1 | 17 | G234G (GGT→GGG) | ompN | porin OmpN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/1); new base C (0/11); total (5/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.70e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.55e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATG > NZ_CP009273/1430365‑1430537 | aCGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGAAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACccgc > 2:385413/1‑90 (MQ=255) gcgTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACccgccg > 2:593252/1‑90 (MQ=255) cATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAAc > 2:557474/1‑90 (MQ=255) aTGGTTGCCAGATAAATATTTTTAGCATCGTTTTTTAGCCCAGCAGCCCACGCGTCTGTTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAAcc < 1:119645/90‑1 (MQ=37) tAAATTTTGTTACCATCGTTTTTTAGCCCGGCAGCCCCCGCGTCTGTTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTg < 1:686524/90‑1 (MQ=255) tAAATATTTTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGTTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTg < 1:701239/90‑1 (MQ=255) tAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGCCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTg < 1:415145/90‑1 (MQ=255) atTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCCCGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTc < 2:611275/90‑1 (MQ=255) gTTAGCATCGTATTTTACCCCAGCAGTCCCCGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCGTTGGTGCGGTCaga < 2:670156/90‑1 (MQ=255) tAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCCCGCGTCTGTTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCagaag < 1:195068/90‑1 (MQ=255) cccAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCAcc < 2:560145/90‑1 (MQ=255) ccAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCa > 1:395360/1‑90 (MQ=255) gcgTCTGTTTTACCCCCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGccc < 1:167186/90‑1 (MQ=255) cTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGc > 1:200453/1‑90 (MQ=255) tgttttATCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGcc < 1:619956/87‑1 (MQ=255) ttttACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 1:286951/89‑1 (MQ=255) cTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 1:53890/90‑1 (MQ=255) caccCGCCGCAGTATGGTTAACCTGTCCATGGGGCCGGTCGAAAGGGGGGAATCCCCCCCCGCCCCAAAACCCCAGGCTTAAataatagt > 1:223698/1‑88 (MQ=255) | ACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATG > NZ_CP009273/1430365‑1430537 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |