| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,430,449 | 0 | A | C | 58.3% | 18.6 / 25.7 | 24 | G234G (GGT→GGG) | ompN | porin OmpN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/3); new base C (0/14); total (7/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.72e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATG > NZ_CP009273/1430365‑1430537 | aCGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACccgc > 1:391969/1‑90 (MQ=255) ttCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGt < 1:265964/90‑1 (MQ=255) ttCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGCCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGt < 2:738579/90‑1 (MQ=255) cATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAAc > 1:267785/1‑90 (MQ=255) tAAATATTGTTAGCATCTTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTg < 2:70860/90‑1 (MQ=255) tAAATATTGTTAGCATCGTTTTTTAGCCCAGCAGCCCCCGCGTCTGTTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTg < 1:51688/90‑1 (MQ=255) atatTGTTAGCATCGTTTTTTGGCCCAGCAGCCCCCGCGTCTGCTTTATCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCgg < 1:588978/90‑1 (MQ=255) tttGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGAAGCCCACGCGTCTGCTTTACCCCCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTc < 1:548065/89‑1 (MQ=255) atTGTTAGCATCGTATTTTACCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTACCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTc < 2:597863/90‑1 (MQ=255) gTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCCCGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCaga < 2:173170/90‑1 (MQ=255) tAGCATCTTTTTTTAGCCCAGCAGCCCACGCGTCTGTTTTATCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCagaag < 1:340795/90‑1 (MQ=255) gCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAagag > 2:544607/1‑90 (MQ=255) agcagcCCACGCGTCTGTTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAgc < 1:141968/90‑1 (MQ=255) gcagTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGt < 1:328316/38‑1 (MQ=255) gcagTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGt > 2:328316/1‑38 (MQ=255) gcgTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGccc < 2:40830/90‑1 (MQ=255) cgTCTGTTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCa < 2:391969/90‑1 (MQ=255) cgTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCa < 2:546594/90‑1 (MQ=255) gCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCt > 2:232302/1‑90 (MQ=255) gCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCt > 2:232303/1‑90 (MQ=255) cTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 1:21548/90‑1 (MQ=255) cTTTATCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 2:305516/90‑1 (MQ=255) cTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 1:152966/90‑1 (MQ=255) aTCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATc > 1:197061/1‑90 (MQ=255) acctccCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCata < 2:710203/90‑1 (MQ=255) caccCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATAtg < 2:258544/90‑1 (MQ=255) | ACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATG > NZ_CP009273/1430365‑1430537 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |