| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 4,409,638 | T→C | intergenic (‑196/‑159) | ulaG ← / → ulaA | L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,409,638 | 0 | T | C | 86.4% | 46.9 / 3.2 | 22 | intergenic (‑196/‑159) | ulaG/ulaA | L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (6/13); total (8/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
GGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGA > NZ_CP009273/4409553‑4409717 | ggAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGtt < 1:304315/90‑1 (MQ=255) ttgttgttgATTTTGAGTATTGAAAGATTTAATTGAATGTGTAATTAAATTAACTAAATGAATTTAAATGAATAATTGTTCCGTtgtgtg < 1:252530/90‑1 (MQ=255) ttgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg < 1:178067/90‑1 (MQ=255) ttgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg < 1:539732/90‑1 (MQ=255) tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATc < 2:513764/90‑1 (MQ=255) tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATc < 2:108038/90‑1 (MQ=255) ttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATccc < 2:406731/90‑1 (MQ=255) ttttGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc < 1:418695/90‑1 (MQ=255) aGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAat < 2:3455/90‑1 (MQ=255) aTTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAatta > 1:189116/1‑90 (MQ=255) aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATcc < 1:426388/59‑1 (MQ=255) aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATcc > 2:426388/1‑59 (MQ=255) aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc < 1:244796/64‑1 (MQ=255) aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc > 2:244796/1‑64 (MQ=255) aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc < 1:316303/90‑1 (MQ=255) gtAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGt > 2:133185/1‑90 (MQ=255) aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa > 2:558473/1‑90 (MQ=255) aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa > 2:434025/1‑90 (MQ=255) aCTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCa < 1:457219/90‑1 (MQ=255) aaaTGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtgtg > 2:185147/1‑45 (MQ=255) aaaTGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtgtg < 1:185147/45‑1 (MQ=255) gATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGa > 2:114500/1‑90 (MQ=255) | GGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGA > NZ_CP009273/4409553‑4409717 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |