| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 49,905 | T→G | L28R (CTC→CGC) | folA → | type 3 dihydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 49,905 | 0 | T | G | 91.9% | 109.8 / 1.4 | 37 | L28R (CTC→CGC) | folA | type 3 dihydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base G (13/21); total (14/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
TCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGAC > NZ_CP009273/49820‑49991 | tcAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGcc < 1:17787/90‑1 (MQ=255)tcAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGcc < 1:499379/90‑1 (MQ=255) aaTGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGACCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTg < 2:360714/90‑1 (MQ=255) tCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTa < 1:153387/90‑1 (MQ=255) cAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTaa > 1:149097/1‑90 (MQ=255) gTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAAc < 2:275826/90‑1 (MQ=255) tGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGGTTAAACGCa > 2:310805/1‑90 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCTTGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:497276/90‑1 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:319612/90‑1 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:148703/90‑1 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAac < 2:382613/90‑1 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAac < 2:528066/90‑1 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAac < 1:219700/90‑1 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAac < 2:295681/90‑1 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAac < 2:212435/90‑1 (MQ=255) cggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAACCG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCt < 2:481065/90‑1 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCtt > 2:6543/1‑90 (MQ=255) ttAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTtaaat > 2:16157/1‑90 (MQ=255) tAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCg < 1:394764/90‑1 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTTGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACCCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTa > 2:579851/1‑90 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTa < 2:119/90‑1 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTtaaat > 1:151659/1‑74 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTtaaat < 2:151659/74‑1 (MQ=255) tacgggCATGAAAAACG‑CCATGCCGTGGACCCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATggg < 2:288713/86‑1 (MQ=255) gcaggAAAACCCCCATGCCGTGAAACCTCCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgccgcc < 2:613032/87‑1 (MQ=255) aTGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCaa > 2:231013/1‑56 (MQ=255) aTGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:231013/56‑1 (MQ=255) cG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGa > 2:1373/1‑90 (MQ=255) aTGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatca > 2:181136/1‑90 (MQ=255) aTGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatca > 2:160554/1‑90 (MQ=255) tGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTTGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATggg < 1:301707/70‑1 (MQ=255) tGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTTGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATggg > 2:301707/1‑70 (MQ=255) tGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatcaa > 1:396092/1‑90 (MQ=255) gTGGAACCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCgg > 2:444424/1‑90 (MQ=255) aCCTGCCTGCCGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGgtcgtc < 2:332190/90‑1 (MQ=255) tgcctgccGATCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGt > 2:587399/1‑90 (MQ=255) aTCGCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGAc < 2:396092/90‑1 (MQ=255) | TCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACG‑CCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGAC > NZ_CP009273/49820‑49991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |