Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,131,004 | A→G | intergenic (‑280/‑379) | wza ← / → yegH | polysaccharide export protein Wza/TerC family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,131,004 | 0 | A | G | 100.0% | 51.5 / NA | 17 | intergenic (‑280/‑379) | wza/yegH | polysaccharide export protein Wza/TerC family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (10/7); total (10/7) |
TTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGG > NZ_CP009273/2130923‑2131088 | tttAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACt < 2:316488/90‑1 (MQ=255) tGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGAc > 1:132371/1‑90 (MQ=255) gATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACa > 1:315410/1‑90 (MQ=255) gATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACa > 2:403296/1‑90 (MQ=255) aaTTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAAt > 1:520260/1‑90 (MQ=255) cacCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTg < 1:233763/90‑1 (MQ=255) tctcAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCttt < 2:580063/90‑1 (MQ=255) aTGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCaataa > 1:475755/1‑90 (MQ=255) aTGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCaataa > 1:372892/1‑90 (MQ=255) aTGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTAAGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCaataa > 1:425951/1‑90 (MQ=255) cAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGc < 2:3912/90‑1 (MQ=255) tgatgaGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAggagga > 1:475228/1‑90 (MQ=255) atgaGAAAGGGTTATTACGGGAATTACCTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAg < 2:286662/90‑1 (MQ=255) aaGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTAc > 1:121731/1‑90 (MQ=255) ttattaCGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTa > 1:373739/1‑90 (MQ=255) attaCGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAAc < 2:373739/90‑1 (MQ=255) taCGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACgg < 2:315410/90‑1 (MQ=255) | TTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGG > NZ_CP009273/2130923‑2131088 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |