Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 386,045 | T→C | pseudogene (339/1527 nt) | BW25113_RS01915 → | outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 386,045 | 0 | T | C | 100.0% | 88.4 / NA | 28 | pseudogene (339/1527 nt) | BW25113_RS01915 | outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (14/14); total (14/14) |
GCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACAC > NZ_CP009273/385960‑386128 | gCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGa > 2:343786/1‑90 (MQ=255) cACGATCTCAACC‑ATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 2:86124/90‑1 (MQ=255) aCGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 2:466907/90‑1 (MQ=255) attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTATTTCTTtgctgc > 2:440285/1‑90 (MQ=255) attattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgctgc > 1:264815/1‑90 (MQ=255) tattTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCt < 2:81122/90‑1 (MQ=255) ttGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGc < 2:149272/90‑1 (MQ=255) gAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCgg > 1:219734/1‑90 (MQ=255) aaCCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGt > 1:102092/1‑90 (MQ=255) aTGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATc > 1:106130/1‑90 (MQ=255) aTGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATc > 1:468009/1‑90 (MQ=255) gACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt > 1:374441/1‑54 (MQ=255) gACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGAtt < 2:374441/54‑1 (MQ=255) gACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGtttt > 2:221320/1‑90 (MQ=255) cAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGttttta > 1:504319/1‑88 (MQ=255) gTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgc < 1:518459/60‑1 (MQ=255) gTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTAtgc > 2:518459/1‑60 (MQ=255) tACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGc < 1:343786/90‑1 (MQ=255) gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 1:581135/90‑1 (MQ=255) gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 2:102092/90‑1 (MQ=255) gCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 2:152226/90‑1 (MQ=255) tCAGCTTGATATCAGTAATCCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaa > 1:281624/1‑90 (MQ=255) gCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGGTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGtaataa > 1:389704/1‑90 (MQ=255) atCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGt < 2:30469/90‑1 (MQ=255) atCAGTAATTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGt < 1:269958/90‑1 (MQ=255) aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 2:340425/90‑1 (MQ=255) aTTCAGTGATTCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATg < 2:452280/90‑1 (MQ=255) tCACGGCTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTacac > 1:260810/1‑90 (MQ=255) | GCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACAC > NZ_CP009273/385960‑386128 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |