| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 476,525 | A→G | intergenic (‑361/+185) | tomB ← / ← acrB | Hha toxicity modulator TomB/efflux RND transporter permease AcrB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 476,525 | 0 | A | G | 90.9% | 24.3 / ‑3.1 | 11 | intergenic (‑361/+185) | tomB/acrB | Hha toxicity modulator TomB/efflux RND transporter permease AcrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (4/6); total (5/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
AGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTT > NZ_CP009273/476439‑476610 | aGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGgtta > 1:520366/1‑90 (MQ=255) gATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGgttatt > 2:539693/1‑90 (MQ=255) gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt > 2:242514/1‑90 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 1:121561/90‑1 (MQ=255) taataaCCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACtt > 1:265790/1‑90 (MQ=255) tACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTAt > 1:553994/1‑90 (MQ=255) tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg < 2:258975/90‑1 (MQ=255) tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg < 2:265790/90‑1 (MQ=255) tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg < 2:70346/90‑1 (MQ=255) gCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAAt < 1:41137/63‑1 (MQ=255) gCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAAt > 2:41137/1‑63 (MQ=255) aTGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGttt > 1:197811/1‑90 (MQ=255) aTGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGttt < 1:397306/90‑1 (MQ=255) | AGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTT > NZ_CP009273/476439‑476610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |