| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,115,921 | C→G | G41A (GGC→GCC) | solA ← | N‑methyl‑L‑tryptophan oxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,115,921 | 0 | C | G | 90.5% | 59.5 / 0.5 | 21 | G41A (GGC→GCC) | solA | N‑methyl‑L‑tryptophan oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (10/9); total (11/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
ACAGCGTTTGCGCGCGGAGGACCAGCGGGACATACTTTTCGCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGCCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCA > NZ_CP009273/1115832‑1115998 | acaGCGTTTGCGCGCGGAGGACCAGCGGGACATACTTTTCGCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGc < 1:595711/90‑1 (MQ=255) gCGTTTGCGCGCGGAGGACCAGCGGGACATACTTTTCGCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCgt < 1:226528/90‑1 (MQ=255) tttGCGCGCGGAGGACCAGCGGGACATACTTTTCGCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGtt > 2:554467/1‑90 (MQ=255) ttGCGCGCGGAGGACCAGCGGGACATACTTTTCGCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTg > 2:660937/1‑90 (MQ=255) gCGGGACATACTTTTCGCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATggg > 2:257824/1‑90 (MQ=255) gggACATACTTTTCGCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCg > 2:682512/1‑90 (MQ=255) gggACATACTTTTCGCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCg > 2:415457/1‑90 (MQ=255) ggACATACTTTTCGCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGt < 2:26717/90‑1 (MQ=255) tttCGCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTa > 2:524624/1‑90 (MQ=255) cGCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCa < 1:381394/90‑1 (MQ=255) tCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGCGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGttt > 2:595117/1‑90 (MQ=255) cATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAAc < 2:622019/90‑1 (MQ=255) gCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGgcg > 2:428352/1‑90 (MQ=255) aTGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGcgcg > 2:162809/1‑90 (MQ=255) ggCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGCCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCggg > 2:89234/1‑90 (MQ=255) gCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGt < 1:669824/90‑1 (MQ=255) gCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGt < 1:578963/90‑1 (MQ=255) gCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGt < 1:415457/90‑1 (MQ=255) gCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGCGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGt < 1:595117/90‑1 (MQ=255) gCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGCCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGt < 1:146007/90‑1 (MQ=255) aTTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCa > 2:721696/1‑90 (MQ=255) ccGTGGTGGCTGGCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCa < 1:570076/90‑1 (MQ=255) | ACAGCGTTTGCGCGCGGAGGACCAGCGGGACATACTTTTCGCCTTCACCATAAGCATGGCGAATTAATCGCGTATCGCCGTGGTGGCTGCCGTGTTGATGCGGTGGCATATGGGCGTCGGTCATTAGCACGTTTAAACCGGCGCGGGTTGCATAATACCCGGCGGCA > NZ_CP009273/1115832‑1115998 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |