| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,597,618 | A→G | I115V (ATC→GTC) | lsrC → | autoinducer 2 ABC transporter permease LsrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,597,618 | 0 | A | G | 100.0% | 53.8 / NA | 19 | I115V (ATC→GTC) | lsrC | autoinducer 2 ABC transporter permease LsrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (7/12); total (7/12) | |||||||||||
TATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGA > NZ_CP009273/1597531‑1597696 | tatTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTc < 1:93635/90‑1 (MQ=255) ttCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTccc > 2:191430/1‑90 (MQ=255) tACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCa > 2:294705/1‑90 (MQ=255) gTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCAttgtt > 1:439804/1‑90 (MQ=255) cgcgACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTgg < 2:274737/90‑1 (MQ=255) gcgACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGc < 2:245379/90‑1 (MQ=255) tttACTGCTTGGTTTGCTGGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGCCCCCGTCATTGTTGCCACCATTGGCACGtt < 2:238576/90‑1 (MQ=255) tttACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGtt < 1:394044/90‑1 (MQ=255) tACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAg < 1:294705/90‑1 (MQ=255) tACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAg < 1:309928/90‑1 (MQ=255) gCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGt < 1:121156/89‑1 (MQ=255) gCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGt > 2:121156/1‑89 (MQ=255) tGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGccg > 1:249039/1‑67 (MQ=255) tGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGccg < 2:249039/68‑2 (MQ=255) gCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGGCCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAgg < 2:331369/90‑1 (MQ=255) gTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCaaa < 2:295683/90‑1 (MQ=255) gTCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCaaa < 1:191430/90‑1 (MQ=255) tCGCGTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAAt > 1:348762/1‑90 (MQ=255) cgTGGCTAAAGGTCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGa > 1:318188/1‑90 (MQ=255) | TATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGGCATCATGTTGCTGTGGACTGGCGGCAAATGGA > NZ_CP009273/1597531‑1597696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |