| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,600,532 | C→T | W117* (TGG→TAG) | yjjP ← | inner membrane protein, H‑NS‑repressed, DUF1212 family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,600,532 | 0 | C | T | 99.9% | 2869.5 / NA | 716 | W117* (TGG→TAG) | yjjP | inner membrane protein, H‑NS‑repressed, DUF1212 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (388/327); total (388/328) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 727 total aligned reads displayed.
TCGTACTGGCAAAGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGAC > NC_000913/4600434‑4600629 | tCGTACTGGCAAAGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTAt > 1:9837938/1‑101 (MQ=255)tCGTACTGGCAAAGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTAt > 1:2731919/1‑101 (MQ=255) cGTACTGGCAAAGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATc > 2:1046048/1‑101 (MQ=255) gTACTGGCAAAGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCt < 2:2479003/101‑1 (MQ=255) tACTGGCAAAGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCtt < 1:2133012/101‑1 (MQ=255) tACTGGCAAAGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTCATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTAtnnn > 2:13702560/1‑98 (MQ=255) tcTGGCAAAGAAGGTGATGCCGGTACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTg < 1:3996272/100‑1 (MQ=255) aCTGGCAAAGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTg > 1:7756170/1‑101 (MQ=255) nnngCAAAGAAGGTGATGACGGCCCCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTgg < 2:11461047/98‑1 (MQ=255) tGGCAAAGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTggg > 1:12509234/1‑101 (MQ=255) ggCAAAGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGt > 1:2920739/1‑101 (MQ=255) gCAAAGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTa > 1:1000704/1‑101 (MQ=255) gaaaGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAGAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTaa < 2:365761/100‑1 (MQ=255) cAAAGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAAGCATTAAGGCTACCAGCTATCTTgggnnn > 2:12833462/1‑98 (MQ=255) aaaGAAGGTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAAc > 2:7160023/1‑101 (MQ=255) ggTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATg < 1:7486798/101‑1 (MQ=255) ggTGATGACGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATg < 2:6024040/101‑1 (MQ=255) tgatgaCGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGc > 1:1179479/1‑101 (MQ=255) gatgaCGGCACCATCCCCGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCt < 1:8150600/101‑1 (MQ=255) gatgaCGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCACCCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCt < 2:4167628/101‑1 (MQ=255) nnnaCGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTg < 2:8472301/98‑1 (MQ=255) atgaCGGCCCCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTg > 1:13356989/1‑101 (MQ=255) atgaCGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTg > 1:10398981/1‑101 (MQ=255) atcGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCtnnn > 2:12120986/3‑98 (MQ=255) aCGGCCCCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAAt < 2:2674477/101‑1 (MQ=255) aCGGCCCCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAAt < 2:2902235/101‑1 (MQ=255) aCGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAAt < 1:884778/101‑1 (MQ=255) aCGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAAt < 2:691304/101‑1 (MQ=255) cctcACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGTCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAAtt < 1:14439685/98‑1 (MQ=255) cGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGannn > 2:11903354/1‑98 (MQ=255) cGGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAAtt < 1:1319665/101‑1 (MQ=255) cACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAAttnnn > 2:10629503/1‑98 (MQ=255) ccATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCt < 2:5341492/101‑1 (MQ=255) ccATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCt < 1:14158675/101‑1 (MQ=255) cATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTggnnn > 2:11008143/1‑98 (MQ=255) cATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTa > 1:12098277/1‑101 (MQ=255) aTCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTaa > 1:688653/1‑101 (MQ=255) aTCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTaa < 1:12691043/101‑1 (MQ=255) tCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTaaa < 1:10778556/101‑1 (MQ=255) tCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTaaa < 2:1440106/101‑1 (MQ=255) nnncAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGGTaaa < 2:7756170/98‑1 (MQ=255) 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nnnaCCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGtt < 2:10088170/98‑1 (MQ=255) ccACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGttt < 1:13702560/101‑1 (MQ=255) ccGTTATTGAGTTTAAAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCTAACCATTAAGGCTACCATCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTtctc < 2:6583400/101‑1 (MQ=255) cGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTctct > 1:11304982/1‑101 (MQ=255) cGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTctct > 1:1506643/1‑101 (MQ=255) ttATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTAc > 2:4742733/1‑101 (MQ=255) ttGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGcc < 2:6239587/101‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |