| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 365527 = | 0 (0.000) | 295 (1.010) | 135/192 | 0.2 | 64.8% | coding (3/3075 nt) | lacZ | beta‑D‑galactosidase |
| ? | NC_000913 | 4589683 = | 321 (1.100) | coding (4/1656 nt) | tsr | methyl‑accepting chemotaxis protein I, serine sensor receptor | |||||
Only 100 of 642 total aligned reads displayed.
GAATAAAATTCACTCGGCGTAATCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTCTTTAATGCCTTAAAGA > NC_000913/4589584‑4589782 | tcactcattaggcaccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgt > 1:5240016‑M2/100‑100 (MQ=255)tcactcattaggcaccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgt < 2:5098107‑M2/1‑1 (MQ=255) actcattaggcaccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTa < 2:468353‑M2/3‑1 (MQ=255) actcattaggcaccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTa > 1:2241216‑M2/98‑100 (MQ=255) tAAAATTCACTCGGCGTAATCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTaa < 2:5421850/100‑1 (MQ=255) attaggcaccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAAc > 1:1866416‑M2/94‑100 (MQ=255) aaTTCACTCGGCGTAATCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAAc < 1:1919582/100‑1 (MQ=255) ttaggcaccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACg < 1:4050649‑M2/8‑1 (MQ=255) ttaggcaccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACg > 1:4576785‑M2/93‑100 (MQ=255) ttaggcaccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACg > 1:5583231‑M2/93‑100 (MQ=255) ttaggcaccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACg < 1:3244955‑M2/8‑1 (MQ=255) aTTCACTCGGCGTAATCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACg > 1:5986251/1‑100 (MQ=255) tggcaccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTa < 2:2272221‑M2/10‑1 (MQ=255) aggcaccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTa > 1:4444887‑M2/91‑100 (MQ=255) ggcaccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTAt > 2:2788298‑M2/90‑100 (MQ=255) caccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCa < 2:354470‑M2/13‑1 (MQ=255) ccccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCaaa < 1:6505150‑M2/15‑1 (MQ=255) ggCGTAATCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCaaaa < 2:4371403/100‑1 (MQ=255) ggCGTAATCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCaaaa < 2:6869410/100‑1 (MQ=255) ggCGTAATCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCaaaa > 1:5819458/1‑100 (MQ=255) ccaggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAAt < 2:3989106‑M2/17‑1 (MQ=255) cGTAATCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAAtt < 2:4803745/100‑1 (MQ=255) gTAATCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATtg < 2:1774286/100‑1 (MQ=255) tAATCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATtgt > 2:1534152/1‑100 (MQ=255) tAATCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATtgt > 2:4969351/1‑100 (MQ=255) ggctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATtgt < 2:3275901‑M2/20‑1 (MQ=255) gctttacactttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATtgtg > 1:6971564‑M2/80‑100 (MQ=255) aTCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGa > 2:1197958/1‑100 (MQ=255) tcCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCa > 1:2729787/1‑100 (MQ=255) gcgGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCt < 1:668714/100‑1 (MQ=255) tttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTa < 2:3338908‑M2/30‑1 (MQ=255) tttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTa < 1:5729438‑M2/30‑1 (MQ=255) ttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTAc < 1:6319625‑M2/31‑1 (MQ=255) ttatgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTAc > 1:613951‑M2/70‑100 (MQ=255) ggATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTAc > 2:2091528/1‑100 (MQ=255) ggATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTAc < 1:2630508/100‑1 (MQ=255) gATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTAct < 1:4681039/100‑1 (MQ=255) atatTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTActg > 2:5525443/1‑100 (MQ=255) atatTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTActg < 1:5374790/100‑1 (MQ=255) tgcttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTActgc > 1:822224‑M2/67‑100 (MQ=255) tatTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTActgc > 2:1074152/1‑100 (MQ=255) ttCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTActgctg > 2:1953344/1‑100 (MQ=255) cttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTActgctg > 1:1014268‑M2/65‑100 (MQ=255) ttccggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTgg > 1:953791‑M2/64‑100 (MQ=255) cATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGt > 1:1117194/1‑100 (MQ=255) aTAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGtt > 2:310420/1‑100 (MQ=255) cggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGttt > 1:4197611‑M2/61‑100 (MQ=255) ggctcgtatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGtttt > 1:3583119‑M2/60‑100 (MQ=255) aaGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTg < 2:236950/100‑1 (MQ=255) tttcctttccAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGt < 2:4184768/100‑1 (MQ=255) tatgttgtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGt > 1:4846080‑M2/54‑100 (MQ=255) tcctttccAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGttt < 2:6709042/100‑1 (MQ=255) cctttccAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGtttt < 2:4080780/100‑1 (MQ=255) cctttccAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGtttt < 2:6193990/100‑1 (MQ=255) gtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTgg > 2:843316‑M2/48‑100 (MQ=255) gtgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTgg < 2:13356‑M2/53‑1 (MQ=255) tgtggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGc > 1:2409650‑M2/47‑100 (MQ=255) ccAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGcc > 1:2542311/1‑100 (MQ=255) tggaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCt > 2:6516205‑M2/45‑100 (MQ=255) aGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCtt < 1:3512735/100‑1 (MQ=255) gaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCttt < 1:1259905‑M2/58‑1 (MQ=255) gaattgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCttt > 1:3353877‑M2/43‑100 (MQ=255) attgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTa < 1:1642323‑M2/60‑1 (MQ=255) ttgtgagcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGGGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTAc > 1:5139867‑M2/40‑100 (MQ=255) cGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTAc < 2:3680649/100‑1 (MQ=255) cGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTAc > 2:3869384/1‑100 (MQ=255) aaaTCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAAc > 1:5002910/1‑100 (MQ=255) aaTCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACt < 1:2084452/100‑1 (MQ=255) agcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTg > 2:6425080‑M2/35‑100 (MQ=255) agcggataacaatttcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTg < 2:6603485‑M2/66‑1 (MQ=255) 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tcacacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCt > 1:3946233‑M2/21‑100 (MQ=255) caGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGt < 1:4273754/100‑1 (MQ=255) acacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGt > 2:1585779‑M2/19‑100 (MQ=255) acacaggaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGt > 1:3137428‑M2/19‑100 (MQ=255) ggAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTc < 1:2315676/100‑1 (MQ=255) gAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTCt > 2:2444948/1‑100 (MQ=255) gaaacagctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTCTTTa < 2:7129507‑M2/88‑1 (MQ=255) 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< 1:2956637‑M2/94‑1 (MQ=255) gctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTCTTTAATGCCt < 1:2823268‑M2/94‑1 (MQ=255) ctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTCTTTAATGCCtt < 1:1524326‑M2/95‑1 (MQ=255) ctatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTCTTTAATGCCtt > 2:452824‑M2/6‑100 (MQ=255) tatgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTCTTTAATGCCTTa < 2:522232‑M2/96‑1 (MQ=255) tgTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTCTTTAATGCCTTaaa < 1:6401238‑M2/98‑1 (MQ=255) gTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTCTTTAATGCCTTAAAg < 2:5819458‑M2/99‑1 (MQ=255) ttAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTCTTTAATGCCTTAAAGa > 1:2016828/1‑100 (MQ=255) ttAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTCTTTAATGCCTTAAAGa < 2:2892938/100‑1 (MQ=255) | GAATAAAATTCACTCGGCGTAATCTCCGCGGGATATTCATAAAGTTTTTCCTTTCCAGGCCGAAAATCTTGCATCGGTCCACAGGAAAGAGAAACCATGTTAAAACGTATCAAAATTGTGACCAGCTTACTGCTGGTTTTGGCCGTTTTTGGCCTTTTACAACTGACATCAGGCGGTCTGTTCTTTAATGCCTTAAAGA > NC_000913/4589584‑4589782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |