| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 704,236 | T→C | L357S (TTG→TCG) | nagE → | fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 704,236 | 0 | T | C | 99.6% | 1089.9 / NA | 254 | L357S (TTG→TCG) | nagE | fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (148/105); total (149/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGA > NC_000913/704146‑704326 | tGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCgga > 1:4611227/1‑93 (MQ=255) caaCCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATc < 1:4570490/93‑1 (MQ=255) ccggccgCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCgg > 2:3883718/1‑82 (MQ=255) ccggccgCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGt < 1:5509091/94‑1 (MQ=255) cggccgCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGt > 2:2345011/1‑82 (MQ=255) ggccgCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGtta > 1:3487425/1‑93 (MQ=255) gccgccAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTa > 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agccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCa > 2:1271015/1‑82 (MQ=255) ccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaaa < 1:4123764/94‑1 (MQ=255) cagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGt < 2:6481172/82‑1 (MQ=255) gAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAAca > 1:2570450/1‑93 (MQ=255) gTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAcc < 2:2308477/82‑1 (MQ=255) gTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCga > 1:6526743/1‑93 (MQ=255) ggATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCCGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTcc > 1:3552250/1‑93 (MQ=255) aTGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaaaa < 2:4864530/82‑1 (MQ=255) 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tGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaagaagt > 1:6604515/1‑93 (MQ=255) tGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAagaaga > 1:3968906/1‑94 (MQ=255) gggCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGaa < 2:4176021/82‑1 (MQ=255) ggCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACg > 1:2890867/1‑94 (MQ=255) gTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATa < 2:6251655/82‑1 (MQ=255) gTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATa > 2:2977518/1‑82 (MQ=255) ttATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATaa > 2:2668956/1‑82 (MQ=255) ttATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACgagaa > 1:5310829/1‑93 (MQ=255) 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< 2:4643408/82‑1 (MQ=255) tcttctTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGt < 1:5056267/94‑1 (MQ=255) gtttcttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGTGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGt < 1:6187816/92‑1 (MQ=255) gcttcttCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGt < 1:7017482/93‑1 (MQ=255) attcttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGtt < 1:3280109/93‑1 (MQ=255) tcttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAagaaga < 2:2506199/82‑1 (MQ=255) tcttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAagaaga > 2:4407097/1‑82 (MQ=255) cttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGAc > 2:1069242/1‑82 (MQ=255) cttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGAc < 2:1851137/82‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |