| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3312179 | 167 (1.460) | 3 (0.030) | 3/462 | NT | 1.8% | coding (599/945 nt) | truB | tRNA pseudouridine(55) synthase |
| ? | NC_000913 | = 3312190 | 170 (1.520) | coding (588/945 nt) | truB | tRNA pseudouridine(55) synthase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
CGATAAATTTGCCGTTCTCACCTTCCGTGACGCGAACCAGTCCTTCCAGTGGCGCACCAGATGTACGAACCGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATAACATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCGGATATAAGTGCCTTTTGAGCAGTGAATTTCCAGCTCCAGCTCATTGCCTTCATGGCGAATAAACAGCAATTCATAAACGGTAATCGGACGCGCTTCACGCGGAACTTCAATGCCCTGACGCGCATATTCGTACAGTTTTTTGCCCTGATATTTCAGTGCTGAATACATCGAAGGGATCTGTTCGATATCGCCACGGAAAGTATCCAGTGCCGCTGCCA > NC_000913/3311901‑3312455 | cGATAAATTTGCCGTTCTCACCTTCCGTGACGCGAACCAGTCCTTCCAGTGGCGCACCAGATGTACGAACCGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAgg < 2:911301/281‑1 (MQ=255) aTAAATTTGCCGTTCTCACCTTCCGTGACGCGAACCAGTCCTTCCAGTGGCGCACCAGATGTACGAACCGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTTCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTa > 1:1116477/1‑281 (MQ=255) atttcgcGTTCTCACCTTACATTACGCAAACCAGTCCTTCAAGTGGCGCACCAGATGTACGAACCGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATa < 1:221208/275‑1 (MQ=255) gCCGTTCTCACCTTCCGTGACGCGAACCAGTCCTTCCAGTGGCGCACCAGATGTACGAACCGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATAACa > 1:1144051/1‑280 (MQ=255) ccGTTCTCACCTTCCGTGACGCGAACCAGTCCTTCCAGTGGCGCACCAGATGTACGAACCGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATAACAtg > 2:796321‑M2/1‑279 (MQ=255) tGACGCGAACCAGTCCTTCCAGTGGCGCACCAGATGTACGAACCGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCGGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGTGCAGGTAAATAACATGCGCGCAACAGCCGAg > 1:288788/1‑280 (MQ=255) gcgAACCAGTCCTTCCAGTGGCGCACCAGATGTACGAACCGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGAAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATAACATGCGCGCCACAGCCGAGttttt > 1:334038/1‑281 (MQ=255) ccAGTCCTTCCAGTGGCGCACCAGATGTACGAACCGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATAACATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCAcc < 1:114435/280‑1 (MQ=255) ccAGTCCTTCCAGTGGCGCACCAGATGTACGAACCGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATAACATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCAcc < 2:64417/280‑1 (MQ=255) tCCTTCCAGTGGCGCCCCAGATGTACGAACCGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGTCTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAATAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACTATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGCCGGCGCAGGTACATAACCTGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCCGGt > 1:64043/1‑281 (MQ=255) 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ccGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATAACATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCGGATATAAGTGCCt > 1:216092/1‑281 (MQ=255) cGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATAACATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCAACCAGGTCATCAATGATGGt < 2:1065564/264‑1 (MQ=255) aaCAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCC‑AAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATAACATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCGGATATAAGTGCCTTTTGAGCAGTGAATTttcagctc > 1:268507/1‑281 (MQ=255) aagaCGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATAACATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATAAATGATGGTGCGGATATAAGTGCCTTTTGAGCAGTGAATTtccagctcaa > 2:1115289/1‑277 (MQ=255) aCGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATAACATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCGGATATAAGTGCCTTTTGAGCAGTGAATTTCCAGCTCCAGCTCa < 1:380732/281‑1 (MQ=255) gTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCTTGCTGTTCATCATGCACAACAAGTTAACGCAGGTGCTCCAGGGTCATCATCCGTTCAACCGGATATTTATTTACCGCCAGACGGCGCA > 1:627689‑M1/1‑178 (MQ=255) 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1:563676/1‑243 (MQ=255) cgcAtgttatttacctgcgccgtctggcggtaagtaaatatccggttgaacggatggtgaccctggagcacctgcgtgaacttgttgagcaagctgaacagcaggatattccagccgcggagttacttgatccattactgatgccaatggacagtccagcttcggactatccggtggtgaatcttccgttaacgtcttctgtttacttcaaaaatggtaacccggtt > 1:952821‑M1/1‑4 (MQ=255) | CGATAAATTTGCCGTTCTCACCTTCCGTGACGCGAACCAGTCCTTCCAGTGGCGCACCAGATGTACGAACCGGGTTACCATTTTTGAAGTAAACAGAAGACGTTAACGGAAGATTCACCACCGGATAGTCCGAAGCTGGACTGTCCATTGGCATCAGTAATGGATCAAGTAACTCCGCGGCTGGAATATCCTGCTGTTCAGCTTGCTCAACAAGTTCACGCAGGTGCTCCAGGGTCACCATCCGTTCAACCGGATATTTACTTACCGCCAGACGGCGCAGGTAAATAACATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCGGATATAAGTGCCTTTTGAGCAGTGAATTTCCAGCTCCAGCTCATTGCCTTCATGGCGAATAAACAGCAATTCATAAACGGTAATCGGACGCGCTTCACGCGGAACTTCAATGCCCTGACGCGCATATTCGTACAGTTTTTTGCCCTGATATTTCAGTGCTGAATACATCGAAGGGATCTGTTCGATATCGCCACGGAAAGTATCCAGTGCCGCTGCCA > NC_000913/3311901‑3312455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |