| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,706,551 | T→G | 5.2% | G68G (GGT→GGG) | rsxB → | SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,706,551 | 0 | T | G | 5.2% | 353.3 / 2.5 | 124 | G68G (GGT→GGG) | rsxB | SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/59); new base G (9/3); total (61/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CCATTGCGTTAATTACCGCAGGTCTTATGTCTCTGGCCTTTATGGGCTTTAGTGGTTTGGTGAAGTTGTAATGAATGCTATCTGGATTGCCGTTGCCGCCGTGAGCCTGCTGGGCCTGGCGTTTGGCGCCATTCTGGGTTATGCCTCCCGCCGTTTTGCGGTGGAAGACGATCCGGTCGTTGAGAAAATTGACGAAATCTTACCGCAGAGC‑CAGTGTGGTCAGTGCGGTTATCCCGGCTGTCGCCCCTACGCGGAAGCCATCAGCTGTAACGGTGAAAAAATCAACCGTTGCGCCCCAGGTGGCGAAGCTGTGATGCTAAAAATTGCCGAGTTGCTTAATGTCGAGCCGCAGCCGCTGGATGGCGAAGCGCAAGAGATAACGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCGCTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACT > NC_000913/1706278‑1706828 | ccATTGCGTTAATTACCGCAGGTCTTATGTCTCTGGCCTTTATGGGCTTTAGTGGTTTGGTGAAGTTGTAATGAATGCTATCTGGATTGCCGTTGCCGCCGTGAGCCCGCTGGGCCTGGCGTTTGGCGCCATTCTGGGTTATGCCTCCCGCCGTTTTTCGGTGGAAGACGATCCGGTCGTTGGGAAAATTGACGCAATCTTACCGCCGAGC‑CAGTGTGGCCGGGGGGGTTATCCCGGCTGTCCCCCCTACGCGGCAGCCCGCCCCCTTAACGGGGaaaaaa > 2:671031/1‑281 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |