| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2765412 = | 88 (0.840) | 3 (0.030) | 3/446 | NT | 3.7% | intergenic (‑259/+101) | abpA/yfjM | CP4‑57 prophage; anti‑bacteriophage protein/CP4‑57 prophage; protein YfjM |
| ? | NC_000913 | = 2765435 | 76 (0.810) | intergenic (‑282/+78) | abpA/yfjM | CP4‑57 prophage; anti‑bacteriophage protein/CP4‑57 prophage; protein YfjM | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CCTGAATCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCATATCTCGATGCTCTTTGAGCAATGTCAACATCGCGTGTTCATGGCTTTCTATATTGTTGATGCCTTGCCCATCCGGACCCCACTCCTTATAGCTCATCATGATGGCTTGTTTTGGGCTCTCTGCTCGTTCTGTTTCGACGTAGAA > NC_000913/2765134‑2765680 | acatccgtgacaattttgcgaaaattaaggagatgttatgacacagtacaatcggatcactgcatcatcaccagtgatctaaatacttcacagccattctcggtcgcaggtatcaagctgttcaggattcaacaaatattgtaaccctgacgtcgaatttggttatataacatactgccccaacaaacgtaaggtaggcacagccttaatcaaggttttggttttcaaatagttgagagctgagaccgccaaccgcactatggcaccatggaactatggat < 1:773970‑M1/3‑3 (MQ=255) tccgtgacaattttgcgaaaattaaggagatgttatgacacagtccaatcggatcactgcatcatcaccagtgatctaaataattcacagccattctcggtcgcaggtatcaagcttttcaggattccacaaatattgtaaccctgacgtctaatttggttatataacatactgccccaactaacgtaaggtaggcacagccttaatcaaggttttggttttcaaatagttcagagctgagaccgccaaccgcactatggcactatggcactatggcacta < 1:251874‑M1/6‑1 (MQ=255) cggtgcaattttgcgaaaattaaggggagtgtatgacacagtacaatgggagcacgtcatcatcagcagtattctaaatacgtcacatccatgctcgctcgcaggtatcaagcttttcaggattccacaaagattgtaaccctgacgtctgatttggttatataacatactgccccaactagcgtaaggtaggcacagccttaatcaaggttttggttttcaaatagttcagagctgagaccgccaaccgcactatggcactatggcactatggcacta > 2:684672‑M1/274‑279 (MQ=255) tCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatgg < 2:861836/281‑1 (MQ=255) tCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatgg < 1:214227/281‑1 (MQ=255) ttCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCAACATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCACGTTTTTCAGGATTCCATAACTATTGTAACCCTGACGTTTAATTTGGTCATGAAAAATACTGCCCAAACTAACGTAAGGTAGGTACAGCCTTAATAAAGGTTTTGGTTTTAAAAGATTTCAGGGCGGATACCGCCAACGgccatagggca > 2:259325/1‑280 (MQ=255) cGACTCCATTGACACATCCGTGACAAGTTTCCTACAAGTAAGACAACTTTATGACACAGTCCCATCGGATCCCTGCATCATCACCAAGGATCTAAATACTCCGCAGCCCTTCTCGGTCTCAGGTATCAAGCTTTTCAGCATTCCACAAATATCTTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCCACTTACGTAAGGTAGACACAGCCTTAATCAAGTTTTTTGTTTTCAAATAGTTCAGATCTGAGACCTCCAACCgctctatggcacta < 2:773970/281‑1 (MQ=255) tttgcgaaaattaaggagaagttataacacagtccaatcggatcactgcatcatcaccagtgatctaaatacttcacagccattctcggtcgcaggtatcaagcttttcaggattccacaaatattgtaaccctgacgtctaatttggttatataacatactgccccaactaacgtaaggtaggcacagccttaatcaaggttttggttttcaaatagttcaaagctgagaccgccaaccgcactatggcactatggcactatggcactatggcactatgg > 1:530185‑M1/265‑281 (MQ=255) cTCCATGTAGACATCCGTTACATTTTTGCGAAGATTAAGGAGGTGTTATGCCACAGTCCAGTCGGATCACTGCATCATCACCCATGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatgg < 1:597858/281‑1 (MQ=255) cTCCAATTAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATACTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTGATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatgg < 1:587282/281‑1 (MQ=255) tgcgaaaattaaggagttgttattacaccatccaatcggcacacctcatcatcaccagtgttctaaatacttcccagccattctcggtcgccggtatcaagcttttcaggattccacaaatattgtaaccctgccgtctaatttggttatataacatactgccccaacgaacgtaaggtaggcacagccttaatcaaggttttggttttcaaatagttcagagctgagaccgccgaccgcactatggcactatggcactatggcactatggcactatggca > 2:251874‑M1/263‑281 (MQ=255) aCATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTACAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTGTTCAGGATTCAACAAATATTGTAACCCTGACGTCGAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACAAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTGAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACCATGGAACTATGgat < 1:773970‑M2/281‑4 (MQ=255) tCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATAATTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGgcacta < 1:251874‑M2/281‑7 (MQ=255) 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cacaGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTTAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAATGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCGGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTaa < 1:259325/280‑1 (MQ=255) aGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATcac > 1:958634/1‑281 (MQ=255) tCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATTAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCAATATGGACCCGCCAGCGAATGTAATCacac > 1:994240/1‑281 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |