| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1080420 | 112 (0.810) | 5 (0.040) | 4/506 | 12.1 | 4.0% | coding (1116/1509 nt) | putP | proline:Na(+) symporter |
| ? | NC_000913 | = 3430675 | 130 (0.960) | coding (164/819 nt) | aroE | shikimate dehydrogenase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATG‑ACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTA > NC_000913/1080135‑1080705 | gatgatCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGCTTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCCACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TTCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCC‑GAAAGAggtggggtgg > 2:469524/1‑289 (MQ=255)gatgatCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTgg > 1:1061521/1‑289 (MQ=255) atgatCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGCTTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGGGTggg > 1:1165819/1‑289 (MQ=255) ttgtCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGGCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTGAACGCTCATGCGGCGTGGGCTGGTGCGGTAAATCGGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAAGTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTggg < 2:995620/285‑1 (MQ=255) tgatCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGt < 1:228612/289‑1 (MQ=255) gatCCTCTGCCGGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAGCGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTa < 1:841919/289‑1 (MQ=255) tCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCCACCTTAAGTTGCCAGCTGCGGGTG‑TGCTCCAGTGGGATTACCGAAGATTTTTACAGAGCG‑GTTCCGCGTAAAACTGCCAGCCA‑GTAAGAGCTggtgggggtggg > 1:742246/1‑289 (MQ=255) tCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTCAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGGAgg > 1:67873/1‑289 (MQ=255) tCCTCGGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCTGCTTCTTTGGGATTTCTTACGTTAACGCTCATCCGGCGTTGGCTGTGGCGGTAAAGCAGAACGCCGAGCGTTTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCGGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAgg < 1:135679/289‑1 (MQ=255) ccTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATTGCAAACTTAAGTTGCAAGCTGCTGGTG‑TGCTCCCGTGCGAATACGGAAGATTTGTACACAGCG‑TTTCTGCGTAATCATGCAAGCCA‑GAAAGAGCGGgtgggggtgggg > 2:135679/1‑289 (MQ=255) ccTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGGCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAggg > 1:479495/1‑289 (MQ=255) ccTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTCCGATTACCGAAGATTTGTAAAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACCTGCAAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGggggggggg > 2:1007498/1‑284 (MQ=255) gggaGGGGGGGTGGCTGTGGGCTTGTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGGTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCGGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGAt < 2:777786/285‑1 (MQ=255) 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tGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCtggtggt < 2:397987/273‑1 (MQ=255) gCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAgg > 2:1068578/1‑245 (MQ=255) gCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTgg > 1:1124785/1‑289 (MQ=255) tttAACGTGCATCCGGGGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTGATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCaa < 2:919200/289‑1 (MQ=255) ttAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAACCATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGGGGGGGTAGGGGGGGTGAGGGTGCGGGTGGTGGCGCTGGGGGCGGTTGCGCGGGCGGCaa > 2:1192311/1‑288 (MQ=255) atcCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGGGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGGGATGGTGCTGGTGGGGGCGCTGGTGGCGGTTGCGCGGGCGGCAAACCCGGaaa > 1:535272/1‑288 (MQ=255) atcCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGaaaa > 2:289111/1‑289 (MQ=255) atcCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGGGCTGGTGGGGGCGCGGGGGGGGATTGGGCCTGGGGCAAACCCGGcaa > 1:23832/1‑288 (MQ=255) ccGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAAcc < 1:469524/289‑1 (MQ=255) cGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGt > 1:942423/1‑289 (MQ=255) ttggtggggggcggaaaTCAGAACGCCGGGGGGGTGGTTACGGAAATGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGAGTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCGGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGc < 2:1305834/275‑1 (MQ=255) tGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGGGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGc < 1:1232886/288‑1 (MQ=255) tGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGACGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTAATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCaa < 1:1032862/263‑1 (MQ=255) tAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTACGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGCTTTTTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCGGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAg > 1:1117554/1‑289 (MQ=255) aGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTG‑TGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCG‑TTTCTGCGTAAACATGCCAGCCA‑GAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTAcgc < 1:1044951/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |