| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2765420 = | 130 (0.820) | 3 (0.020) | 3/416 | 14.3 | 2.8% | intergenic (‑267/+93) | abpA/yfjM | CP4‑57 prophage; anti‑bacteriophage protein/CP4‑57 prophage; protein YfjM |
| ? | NC_000913 | = 2765411 | 105 (0.800) | intergenic (‑258/+102) | abpA/yfjM | CP4‑57 prophage; anti‑bacteriophage protein/CP4‑57 prophage; protein YfjM | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GCCTGAATCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCATATCTCGATGCTCTTTGAGCAATGTCAACATCGCGTGTTCATGGCTTTCTATATTGTTGATGCCTTGCCCATCCGGACCCCACTCCTTATAGCTCATCATGATGGCTTGTTTTGGGCTCTCTGCTCGTTCTGTTTCGACGTAGAA > NC_000913/2765133‑2765680 | tCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAATGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatgg < 1:1518941/281‑1 (MQ=255) tCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatgg < 2:104312/281‑1 (MQ=255) cATTTAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatggcac < 2:966096/281‑1 (MQ=255) aGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatggcactatgg < 2:1532261/281‑1 (MQ=255) aCATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTAATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatggcactatggca < 1:31681/281‑1 (MQ=255) tCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCCGGTGTCAAACTTTTCAGGATTCCACACACCTTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGATAGGCACAGCCGTAATCAAGGTTTGGGTTTTCAAATAGTTCAGACCTGAAAACACCAACCgcactatggcactttggcaacaaggcaat > 2:577669/1‑270 (MQ=255) ccttGACAATTTTTCAAAAATTAAGGAGATGTTGTGACACAGTCCAATCGGATCACTCCATCATAACCATTGTTCTAAATACTTCACATCCATTCTCGGTCGCAGTTATCAAGCTTTTCAGGTTTCCACAAATCTTTTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATGCTGCCCCCACTAACGAAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgaactatggcactatgggactatggcactat < 2:921948/278‑1 (MQ=255) cGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGCATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAACTATTGTAACCCTGACGTCTAATCTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCTCAGCCTTAATCAAGGTCTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCACCCgcactatggcaccatggcactatggccctatg > 2:828296/1‑281 (MQ=255) gTGACTATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACGAACGAAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatggcactatggcactatgg < 1:618064/281‑1 (MQ=255) gTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGGTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatggcactatggcactatgg < 1:828296/281‑1 (MQ=255) aaTTTTGCGAAATTTAAGGCGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatggcactatggcactatggcacta < 1:1341160/281‑1 (MQ=255) tGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCg > 1:597668/1‑222 (MQ=255) tGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCg < 2:597668/222‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |