| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3945979 = | 104 (0.950) | 5 (0.050) | 4/514 | 10.7 | 4.7% | noncoding (2276/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA |
| ? | NC_000913 | 4039784 = | NA (NA) | noncoding (2266/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATAGTGATCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCG > NC_000913/3945702‑3946260 | cccGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGGTGGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGGAACggaggc > 1:186554/1‑282 (MQ=17) agaCTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATAACACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTCCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGCACTCTCCTAAAGCGTAACGGAGGAGCaa > 2:322305/1‑282 (MQ=12) agaCTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAA‑‑‑‑GAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGACGTGTGGACGCCAGTATGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGCCCCGTGATCAGGGTTGCGGCAAGTGTATGGGTGCGAATTTGACGGGGGCGGTCTCCTACTCATGAGCACCGGAGGAGCCCGa > 2:281034/1‑281 (MQ=11) gaCTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACg < 2:19158/283‑1 (MQ=32) aCTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTGCTACAGAGTAACGGAGGAGAACGa > 1:448961/1‑283 (MQ=17) cAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAgg < 1:684688/283‑1 (MQ=32) cAGGGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCAGAGTCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTCCTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAgg < 1:206009/283‑1 (MQ=12) aaCTCACTTTGTAGATGCTGGTGACCCGAGGCAAGACGGGAAGGCCCCTTGAACCTTTACTATGGATTGACACTGAGCATTGGGCCTGTATGTGTAGGATAGGGGGGAGGCTTTGACGTGGGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGCCCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGGGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATc < 2:414386/282‑1 (MQ=11) cTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCt > 1:246537/1‑282 (MQ=32) gCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGAACGAGGGTTGGCTAATCCTGGt > 1:943179/1‑282 (MQ=17) 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ggaCCCGCGGAAAGACGGAAAGGCCCCGTGAACCTTTGCTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGt < 2:477634/279‑1 (MQ=17) tACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGTGGCTTTGACGTGTGGAAGCAAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGCAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGGTTGACTGGGGCTGTCTCCTCCTAAAGAGCACCGGAGGACCACGGAGTCTGGCTAAATCTGGTCGGaaacagggaggcttg > 2:895528/1‑269 (MQ=11) tACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAg > 1:354967/1‑283 (MQ=32) tACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCCTTGAAGTGTGAACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCCCGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGGTAg > 2:765663/1‑283 (MQ=17) gcgGCCAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTGTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGTGGGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCa < 1:256439/282‑1 (MQ=17) cgGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACCCTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGACAATCCTGGTCGGACATCCGGAGGTTAGTGCAAt > 2:256439/1‑283 (MQ=17) gCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACCTCAGGAGGTTAGTGCAATg > 1:760987/1‑282 (MQ=17) gCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATg > 1:564392/1‑282 (MQ=32) gCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTAAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCAGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGTTCTCCTCCTCACGATTAACGGAGGCGCCAGAAGGTTGGCTAATCCTTGTCGTACATCCGCGGGTTattccattg > 2:874520/1‑274 (MQ=11) 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aaCATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGCGGCTGTGACGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGAGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTACAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATGCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCCGCTTGACTGCGAGAGTGACGGCGCGAGCAgggtcgc > 2:941021/1‑278 (MQ=11) aaCATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGCGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGGTCAATGGCATAAGACAGCTTGACTGCTAGCGTGACGGGGAGAGCAGGTGCGa > 2:293938/1‑283 (MQ=12) aaCATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAAGCCTGGTCGGCCATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGAATGCGAGCGGTCCGGCCGGAGCAGGTGGGa > 2:189688/1‑283 (MQ=255) aCATTGGGCCTGGAGGTGTAGTGTAGGTGTGGGGCTTTGAAGTTTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGTTCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGa < 2:968334/282‑1 (MQ=255) gttGGGCCTTGATGGGTAGGATAGTGGGGAGGCTTTGGAGTGTGGACGCGAGTCTGCATGGAGCCGACCTTTAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAg < 2:320074/282‑1 (MQ=12) ttGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGc < 1:653226/283‑1 (MQ=32) 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ggATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATAGTGATCCgg < 1:46043/283‑1 (MQ=32) gATAGGTGGGAGGCGTGGAAGTGTGGACGGCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAGTGACCCCCCTTTAATGTTTGATGTTCTAAGGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATAGTGATCCgg < 2:697248/282‑1 (MQ=255) tAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTGGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGCCGGGGCGAGACGGGCCGAAAGAAGGTCAGAGGGATTCggggg > 2:551583/1‑283 (MQ=11) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |