Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | insH21 | insH21 |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1299499–1300697 | 1300697 | 1–1199 | 54 [0] | [0] 54 | insH21 | insH21 |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 53 (0.580) | 43/494 | 1.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
AGCCAGATACAAGGGGTTGCTGAAAAACGATAACCAACTGGCGATGTTATTCACGCTGGCCAACCTGTTTCGGGCGGACCAAATGATACGTCAGTGGGAGAGATCTCACTAAAAACTGGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCAATAAAAGAGAATTGCTTAACAATTTTGCAAAATGTATTGGCGAGTAAGAACCGCATTTGGTACTTTCCGGGCAACCGCCAGACGATTCTTTATTGGTAATGAGAATAATTAACAATTAAAGAGC > NC_000913/1300436‑1300966 | cttaattaattcctttcaaatgaaacgcagctgccatgctccgtttacttcgtcattatctttactttgttcccgcgcaggtatcaaaatcaaaaggaataagtaaaaatattcttctcaaattacagttagttataaggatttccttacctgcttctccacaccatcatgtttttttcgcctcatcataatcctgggcttgctgacgaataattgaaatgatatcattaattccactgccgttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt > 2:117937‑M2/263‑274 (MQ=255) aaacggagctgccatgctccgtttacttcgtcattatttttactttgttcccgcgcagttatcaaaagcaaaaggaataggtaaaaatattcttctcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac < 2:868643‑M2/35‑1 (MQ=255) gtcattatttttactttgttcccgcgcagttatcaaaagcaaaaggaataggtaaaaatattcttctcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAg > 1:94730‑M2/212‑273 (MQ=255) gtcattatttttactttgttcccgcgcagttatcaaaagcaaaaggaataggtaaaaatattcttctcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAg > 1:812626‑M2/212‑273 (MQ=255) gtcattattttaacttcgttcccgcgcagttatcaaaagcaaaaggaagtggtaaaaatattcttctcaaactacagttagttataaggatttccttaactgattctccttaccatcatgctattttcgcaacaccataatcatggccttgctgaagaatacttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATACTCAATCGTTAAATTATGGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATAAGAAAAGATAg > 1:743030‑M2/212‑273 (MQ=255) taattttacattgttcccgcgcagttatcaaaagaaaaaggaataagtaaaaatattcttctcaaattacagttagttatcaggatttccttaactgcttctcctcgccctcattttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgcaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtactaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCt < 2:743030‑M2/69‑1 (MQ=255) ttgttcccgcgccgttatcaaaagcaaaaggaataggtaaaaatattcttctcagattacagttagttataaggatttccttaactgattctccccaccatcatgttattttcgctacatcataatcctggtcttgctgaagaataattgaaatgacattattaatttcacttcctttggtagaggaatgtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTACCCaattt > 2:65411‑M2/197‑273 (MQ=255) ttgttcccgcgcagttatcaaaagcaaaaggaataggtaaaaatattcttctcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAtct > 1:154504‑M2/197‑275 (MQ=255) agcaaaaggaataggtaaaaatattcttctcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcaccacatcataatcctgggattgctgaagaataattgaaatgatgttattaattccacagcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAATTTATTGTGCATTTTACGACTGTAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATATATATTTGATTGAATTGAaagtt > 2:205010‑M2/175‑273 (MQ=255) agaataggtaaaaatattcttctcaatttacatttggttgtaaggatttccttaactgcttctcctcaccataatgttattttcgccacatcataatcctgggcttggtgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGTAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtttgt < 2:519309‑M2/107‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) actgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa < 2:70942‑M2/17‑1 (MQ=255) ccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCAATAAAAGAGAATTGCTTAACAATTTTGCaaa < 1:482681‑M2/176‑1 (MQ=255) ttttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCAATAAAAGAGAATTGCTTAACAATTTTGCAAAATGTATTGGCg > 2:672150‑M2/89‑275 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |