| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,798,659 | (T)8→7 | coding (654/1074 nt) | waaU ← | lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,798,652 | 0 | T | . | 98.2% | 743.5 / 6.7 | 167 | coding (661/1074 nt) | waaU | lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base . (85/79); total (87/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CTCATCAAATGGTAGTGTTTCGATTTCAAGTATTGGTATTGTCAATAAATCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGTAGTTGGTGGAAAATTTACCCTCACCATAAATATGCTTCAGTATTTCTAT > NC_000913/3798506‑3798796 | cTCATCAAATGGTAGTGTTTCGATTTCAAGTATTGGTATTGTCAATAAATCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAttt > 7:402890/1‑149 (MQ=255)cTCATCAAATGGTAGTGTTTCGATTTCAAGTATTGGTATTGTCAATAAATCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAttt > 5:134879/1‑149 (MQ=255) atcaAATGGTAGTGTTTCTATTTCAAGTATTGGTATTGTCAATAAATCTTGCGGTAACACTGTAAATATAATCCGATAATATTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtttttt < 1:260479/149‑1 (MQ=255) atcaAATGGTAGTGTTTCGATTTCAAGTATTGGTATTGTCAATAAATCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtttttt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |