New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2304839 | 29 (0.320) | 9 (0.100) +C |
5/282 | 11.2 | 23.8% | noncoding (423/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences |
? | NC_000913 | = 2305105 | NA (NA) | intergenic (+712/+3) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
CCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGC > NC_000913/2304691‑2304942 | ccGTTTGCCTGACGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACACCGCTGTGAAGTGCCCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAg < 2:332575/149‑1 (MQ=255) cGGTTGCCCGATGCGCCGCTGGCGCGTCTTAGCATCCCTACACCCCTTTGACGAGCTCCACCCCCTCTGTCTGACAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAgg < 6:87884/149‑1 (MQ=11) gTTGCCTGTTTCCATGCTGGCGGGTCTTATGAGGTCTACACCGCTGTGAAGTGCTGCACCCCGTAGGTTTGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGcc < 6:28460/149‑1 (MQ=14) gTTGCCTCTTTCGATTCTGGAGTGTCTTATGATGTCTACACCGCTGTTATGTGCGGGACCCCGTAGGTTTGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCTACATCCAACGTCCGTGACGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGcc < 6:28462/149‑1 (MQ=11) gaggCGACGCTGGCGCGGCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTGGGATAAGGCGGGTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCg < 5:323373/146‑1 (MQ=11) ctcTGGCTCGTATTATCAGTCCTTCACCGCTGAGAAGTGCCCCACCCCTTATGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGaa < 2:307409/147‑1 (MQ=14) cgattgcgcGTCTTATCAGGCCTACACGTCTGTGAAGTGCTCTACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGaa < 4:178816/144‑1 (MQ=255) cgcgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGAAGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCAAACGACCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGCCGAATCTGGCCGTCACCGCTAACAAGTGCTc > 2:343008/1‑149 (MQ=11) aGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGcc < 8:293193/118‑1 (MQ=255) aGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGcc > 7:293193/1‑118 (MQ=255) cACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGGCAGCGAACGTACGAGAAGGTTGCCTGATGAGACGGTGGAGCGTCTTGTCAGGCCTACAGAGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTGGGATAAGGCGGTTAcgcgggcgg > 2:30916/1‑143 (MQ=11) cACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTAATATCAGGCCTACACCACTGTGAAGTGCTACCCCCAGTAGTTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATc > 2:93024/1‑149 (MQ=14) cccGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGGTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 2:75855/149‑1 (MQ=255) gTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGa > 6:225440/1‑123 (MQ=255) gTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGa < 5:225440/123‑1 (MQ=255) ttGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAAc > 2:131600/1‑149 (MQ=39) aGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCg > 2:174260/1‑82 (MQ=38) gCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACCCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCGCAAGCTAACGCCCAAGcc > 1:226260/1‑149 (MQ=11) actCCGCCCTCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCTACGATTCCTCTTCTTATCAGGCCTACACCGATGAGAATTGCTCACCCCCGTAGGTCGGATCAGGCGGTTACGACGAATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATg < 4:227479/147‑1 (MQ=11) tCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACCCCGCTGTGATGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCGACGCCGGTTGCCGGCTGct > 3:227479/1‑148 (MQ=11) gACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCCGGCGTACACCGCGGGGAATTGCGCCCCCGCGTAGGTGGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAAAGACCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACg > 1:100092/1‑149 (MQ=11) gACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACg > 4:261579/1‑149 (MQ=32) gACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCAATCCACCCATCAGACGTGCTAACCCCCGTCGGTCGGATAAGGCGGTTACGCAGCATCCGAGATCAGACTCCCTAGCCGTATGCCTGATGCGACg > 2:352008/1‑149 (MQ=2) tCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCT‑‑‑CCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTACCGCCCACGCCGGTAGACTGATGCGACGCTGgcgc > 5:234208/1‑149 (MQ=11) cAACGTCCGCGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc < 1:93024/148‑1 (MQ=17) cAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCgg < 7:167763/94‑1 (MQ=33) cAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCgg > 8:167763/1‑94 (MQ=33) cAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcg > 6:129885/1‑149 (MQ=32) aaCGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc > 3:322720/1‑149 (MQ=17) aaCGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATAAGGCCTACCCCGCTGGGCAGTGCTCCGCCCCGTAGGTCGGATACGGCGGGGACGCCGCCGCCGACATCTAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc > 5:350402/1‑149 (MQ=11) | CCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGC > NC_000913/2304691‑2304942 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |