| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 127,540 | 1 | . | C | 69.2% | 57.9 / 26.8 | 26 | coding (1846/1893 nt) | aceF | pyruvate dehydrogenase, dihydrolipoyltransacetylase component E2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/4); new base C (10/8); total (14/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCGCCGGAAGTGGCTATCCTCGGCGTTTCCAAGTCCGCGATGGAGCCGGTGTGGAATGGTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTA‑CCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTATTGAGGTTATTAGCGAATAGAC > NC_000913/127393‑127661 | gcgcCGGAAGTGGCTATCCTCGGCGTTTCCAAGTCCGCGATGGAGCCGGTGTGGAATGGTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTA‑c < 1:87647/149‑1 (MQ=255) tGGCTATCCTCGGCGTTTCCAAGTCCGCGATGGAGCCGGTGTGGAATGGTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTA‑CCATCATTaa > 8:130007/1‑148 (MQ=255) tATCCTCGGCGTTTACAAGTCCGCGATGGAGCCGGTGTGGAATTGTAAAGAGTTAGTGCCGCGGCTGATGCTGCCGATTTCTCTATACTTAGACCACCCCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCCTTTCATTA‑c > 4:5383/1‑135 (MQ=255) tATCCTCGGCGGTTCCAAGTCCGCGATGGAGCCGGTGTGGAATGGTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTA‑c < 3:5383/135‑1 (MQ=255) ggCGTTTCCAAGTCCGCGATGGAGCCGGTGTGGAATGGTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCt < 6:107260/147‑1 (MQ=255) ttCCAAGTCCGCGATGGAGCCGGTGTGGAATGGTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTaac > 1:167016/1‑134 (MQ=255) ttCCAAGTCCGCGATGGAGCCGGTGTGGAATGGTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTaac < 2:167016/134‑1 (MQ=255) ttCCAAGTCCGCGATGGAGCCGGTGTGGAATGGTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGa > 1:58015/1‑148 (MQ=255) gATGGAGCCGGTGTGGAATGGTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTCATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTA‑CCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTgg < 7:130007/149‑1 (MQ=255) aGCCGGTGTGGAATGGTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTA‑CCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATg > 1:164733/1‑149 (MQ=255) gAATGGTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATgtaagtaa > 3:51023/1‑147 (MQ=255) ggTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTA‑CCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATgt < 1:159388/136‑1 (MQ=255) ggTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTA‑CCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATgt > 2:159388/1‑136 (MQ=255) gTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAAcggc > 5:103415/1‑149 (MQ=255) tgctgcCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTA‑CCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAAAGCCGGCCGTTGGGCCGGCtcttttactt < 2:164733/149‑5 (MQ=255) gcCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAAcggccg > 3:22124/1‑134 (MQ=255) gcCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAAcggccg < 4:22124/134‑1 (MQ=255) gACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTATTGAg < 8:91045/148‑1 (MQ=255) accaccGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTATTGAGGt > 2:129422/1‑149 (MQ=255) caccGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTa > 8:97947/1‑140 (MQ=255) caccGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTa < 7:97947/140‑1 (MQ=255) ccGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTATTGa < 5:4189/142‑1 (MQ=255) ccGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTATTGa > 6:4189/1‑142 (MQ=255) cgcgGGATCGACGGGGCTGAGGGTGCCCGTTGCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTATTGAGGttatta < 6:103415/149‑1 (MQ=255) gTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCa > 1:7068/1‑126 (MQ=255) gTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCa < 2:7068/126‑1 (MQ=255) aTCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTA‑CCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTATTGAGGTTATTAGCGaa < 4:22460/147‑1 (MQ=255) aTCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTA‑CCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTATTGAGGTTATTAGCGaa > 3:22460/1‑147 (MQ=255) cGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTATTGAGGTTATTAGCGAATAGAc > 2:21067/1‑148 (MQ=255) | GCGCCGGAAGTGGCTATCCTCGGCGTTTCCAAGTCCGCGATGGAGCCGGTGTGGAATGGTAAAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTA‑CCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTATTGAGGTTATTAGCGAATAGAC > NC_000913/127393‑127661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |