| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,168,486 | T→C | 5.7% | intergenic (‑180/‑226) | yegR ← / → yegS | uncharacterized protein/phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,168,486 | 0 | T | C | 5.7% | 218.7 / 2.8 | 71 | intergenic (‑180/‑226) | yegR/yegS | uncharacterized protein/phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/34); new base C (2/2); total (35/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
TCTCTAGTGTTTAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTATCGGTGGCAGCCGTTAGTATTCGCTGTCCCCATTGCAAGCTCCTGGTGGTAACCACTGAATCCTCCATACTTGAACTGACTTTTTATCCTCCGA > NC_000913/2168338‑2168633 | tctctAGTGTTTAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATatattatatt > 7:102488/1‑149 (MQ=255) gtTTAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGc > 6:84875/1‑149 (MQ=255) tttAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGaa > 5:92860/1‑143 (MQ=255) tttAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGaa < 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tatattatatTGATTATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGTTATATGATCTTTTTTGAAATTTATCGTTGGCAGCCGTTAGTATTAGCTGTGCACATTGAATGCTCCTTGTTGTAACCACTGAATCCTCCATACTTGAACTTACttttt < 6:124887/149‑1 (MQ=255) tattatattGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTATCGGTGGCAGCCGTTAGTATTCGCTGTCCCCATTGCAAGCTCCTGGTGGTAACCACTGAATCCTCCATACTTGAACTGACTTTTTa < 8:324359/148‑1 (MQ=255) tattGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTATCGGTGGCAGCCGTTAGTATTCGCTGTCCCCATTGCAAGCTCCTGGTGGTAACCACTGAATCCTCCATACTTGAACTGACTTTTTAtcctcc < 4:180900/149‑1 (MQ=255) tattGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTATCGGTGGCAGCCGTTAGTATTCGCTGTCCCCATTGCAAGCTCCTGGTGGTAACCACTGAATCCTCCATACTTGAACTGACTTTTTAtcctcc < 5:138332/149‑1 (MQ=255) ttGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTATCGGTGGCCGCCGTTAGTATTCGCTGTCCCCATTGCAAGCTCCTGGTGGTAACCACTGAATCCTCCATACTTGAACTGACTTTTTATCCTCCGa > 3:214485/1‑149 (MQ=255) | TCTCTAGTGTTTAAATATAATAATGGCATGATTATTATAATTGAATAGGATTATAATAAATGTTCTGTACAACATTTCCTACATAAGTAGGAATTACGGACATTGAGGCCCTTCAGGGTAACTCCATGGGGGCTTTAATATATTATATTGAAGATGCCACTGTTTAGTTGAATATTAGGTATATGCTCTTTTTTGAAATTTATCGGTGGCAGCCGTTAGTATTCGCTGTCCCCATTGCAAGCTCCTGGTGGTAACCACTGAATCCTCCATACTTGAACTGACTTTTTATCCTCCGA > NC_000913/2168338‑2168633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |