| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1299499 = | NA (NA) | 38 (1.130) | 34/226 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1300694 = | 0 (0.000) | intergenic (+1449/‑488) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
ATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGT > NC_000913/1300557‑1300840 | aatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAaataataat < 1:113507‑M2/12‑1 (MQ=255) acggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcacatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAattatt < 1:57440‑M2/28‑1 (MQ=255) cgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt < 6:34374‑M2/34‑1 (MQ=255) ctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTaaa > 2:119063‑M2/107‑129 (MQ=255) ttcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt > 4:95494‑M2/102‑136 (MQ=255) ttcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 3:95494‑M2/35‑1 (MQ=255) tcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa > 6:127910‑M2/101‑147 (MQ=255) tcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa < 5:127910‑M2/47‑1 (MQ=255) cggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCa < 2:195585‑M2/56‑1 (MQ=255) gcgaaggtaagttgatgcctcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg > 7:85168‑M2/92‑148 (MQ=255) gcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg > 7:15550‑M2/92‑148 (MQ=255) gtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt < 8:15550‑M2/64‑1 (MQ=255) agttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAg < 8:138572‑M2/66‑1 (MQ=255) ctcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAatta > 6:3350‑M2/74‑99 (MQ=255) ctcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAatta < 5:3350‑M2/26‑1 (MQ=255) ctcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg < 1:115355‑M2/44‑1 (MQ=255) ctcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg > 2:115355‑M2/74‑117 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGcc > 6:92815‑M2/71‑148 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGcc > 6:38669‑M2/71‑148 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAt > 2:35700‑M2/69‑149 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGt > 8:45562‑M2/68‑118 (MQ=255) cctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAtt < 1:35700‑M2/88‑1 (MQ=255) tgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAttt > 6:35489‑M2/60‑148 (MQ=255) tccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttg < 1:79095‑M2/90‑1 (MQ=255) tccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttg > 2:79095‑M2/49‑138 (MQ=255) cagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGaaa < 5:35489‑M2/102‑1 (MQ=255) gatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaattg > 4:34141‑M2/45‑143 (MQ=255) gatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaattg < 3:34141‑M2/99‑1 (MQ=255) aaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtttgt > 3:19073‑M2/39‑149 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtttg > 8:93173‑M2/33‑142 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtttg < 7:93173‑M2/110‑1 (MQ=255) ctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa > 3:79949‑M2/30‑125 (MQ=255) ctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa < 4:79949‑M2/96‑1 (MQ=255) tcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttg < 6:137087‑M2/90‑1 (MQ=255) tcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttg > 5:137087‑M2/24‑113 (MQ=255) gggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGc > 5:161816‑M2/21‑149 (MQ=255) ttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgttt < 3:36284‑M2/109‑1 (MQ=255) ttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgttt > 4:36284‑M2/16‑124 (MQ=255) cttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtttg < 3:2979‑M2/110‑1 (MQ=255) cttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtttg > 4:2979‑M2/6‑115 (MQ=255) cCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGt < 4:19073‑M2/147‑1 (MQ=255) cTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAt > 7:43248/1‑81 (MQ=255) cTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAt < 8:43248/81‑1 (MQ=255) | ATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGT > NC_000913/1300557‑1300840 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |