| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 1434958 | 78 (1.100) | pseudogene (51/51 nt) | ttcC | pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related | |||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
AAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGT > NC_000913/1434810‑1435104 | aaaaaTGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAATAAAAGAGTGGATTATAGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATTAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTAc > 6:205822/1‑149 (MQ=255)aaaaaTGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTAc < 1:60945/149‑1 (MQ=255) aaaaTGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACt < 6:348996‑M2/149‑2 (MQ=255) 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tgATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtattgttctttctttgtaatttgttgattctcttgcattatttcagttctctggtactaaatggggcaaattgggggcaaactttgcaactacgataaccgcgcattcaacatggctat < 2:22178‑M2/147‑132 (MQ=255) tgATTTTTGCCCTTACttgttcaggttgtattgttctttctttgtaatttgttgattctcttgcattatttcagttctctggtactaaatggggcaaattgggggcaaactttgcaactacgataaccgcgcattcaacatggctat > 1:22178‑M2/1‑16 (MQ=255) tgATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATaaa > 3:84935/1‑148 (MQ=255) tgATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTCCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATaaa > 6:394427/1‑148 (MQ=255) ttGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGCCTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACtgt > 5:328170/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |