| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 773,446 | T→C | 5.9% | G135G (GGT→GGC) | cydB → | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 773,446 | 0 | T | C | 5.9% | 245.4 / 2.6 | 83 | G135G (GGT→GGC) | cydB | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/39); new base C (2/3); total (40/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCCGGTCGGTTTTGACTACCGCTCCAAGATTGAAGAAACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTC > NC_000913/773299‑773588 | cTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCCGGTCGGTTTTGACTACCGCTCCAAGATTGAAGAAACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGgt < 4:222396/148‑1 (MQ=255)cTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCCGGTCGGTTTTGACTACCGCTCCAAGATTGAAGAAACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGgt < 6:222653/148‑1 (MQ=255) tgtgGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCCGGTCGGTTTTGACTACCGCTCCAAGATTGAAGAAACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGgtgt < 8:292302/147‑1 (MQ=255) gtgGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCAGGTCGGTTTTGACTACCGCTCCAAGATTGAATAAAACCGCTGGCGTAAAAAGTGGGACTCGGGCTTATTAATTTGTAGCTTCGTTCCTCCGGTGGTAATTGGTGTAGc > 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cGCTCCAAGATTGCAGAAACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGta < 4:287585/149‑1 (MQ=255) gCTCCAAGATTCACCCAACCCGCTGGCGGAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCACTGGGAGCTTCGCTCCGCCGCTGGTAATTGGCGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGGTGATGAATATCTGCGTCTGtac < 8:383799/149‑1 (MQ=255) tCCAAGATTGAAGAAACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGtacta > 6:162659/1‑149 (MQ=255) gaagaaACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTa < 7:178980/148‑1 (MQ=255) aagaaACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTaa < 7:350414/148‑1 (MQ=255) 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NC_000913/773299‑773588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |